perl程序6：计算序列被覆盖的比例，结果参考scaffolds.fasta.m8.Ba.sim

Question

perl程序6：计算序列被覆盖的比例
/mnt/sdc/shguest/hui/kaoti/c6/prog6_scaffold_coverage
基于scaffolds.fasta序列和 scaffolds.fasta.m8.Ba.m8序列的blast比对结果，计算每个序列被覆盖的比例

Answer 1

引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答：
以下是计算每个序列被覆盖比例的Perl程序：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

# 读取scaffolds.fasta.m8.Ba.m8文件，计算序列被覆盖的比例
open(my $fh, "<", "scaffolds.fasta.m8.Ba.m8") or die "Cannot open file: $!";
my %covered;
while (my $line = <$fh>) {
    chomp $line;
    my ($query, $subject) = split "\t", $line;
    $covered{$query} = 1;
}
close($fh);

# 读取scaffolds.fasta文件，计算每个序列的长度和被覆盖的比例
open($fh, "<", "scaffolds.fasta") or die "Cannot open file: $!";
my %lengths;
while (my $line = <$fh>) {
    chomp $line;
    if ($line =~ /^>(\S+)/) {
        my $seq_id = $1;
        $lengths{$seq_id} = 0;
        while ($line = <$fh>) {
            last if $line =~ /^>/;
            $line =~ s/\s+//g;
            $lengths{$seq_id} += length($line);
        }
    }
}
close($fh);

# 计算每个序列被覆盖的比例并输出结果
foreach my $seq_id (keys %lengths) {
    my $coverage = $covered{$seq_id} ? 1 : 0;
    my $coverage_percentage = sprintf("%.2f", ($coverage / $lengths{$seq_id}) * 100);
    print "$seq_id\t$coverage_percentage%\n";
}

请确保将程序保存为prog6_scaffold_coverage.pl，然后将scaffolds.fasta.m8.Ba.m8和scaffolds.fasta文件放在同一目录下，并在该目录中运行程序。

运行程序后，将输出每个序列的ID和被覆盖的比例（以百分比表示）。