R软件计算Pielou多样性指数，代码怎么写？求解答，现在已经会写Shannon、Simpson、species_richness的代码了，但是基于这文本数据怎么求Pielou多样性指数
R软件计算Pielou多样性指数、α多样性
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- 2022-03-06 20:30聂小七f的博客 α多样性是指一个特定区域或生态系统内的多样性，是反映丰富度和均匀度的综合指标。 α多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度；二是多样性，群落中个体分配上的均匀性。α多样性主要关注局域均匀生境下...
- 2022-08-26 00:20待日晰的博客 生物群落多样性——α多样性
- 2021-09-26 21:21在生物学和生态学研究中，常用到的生物多样性指数主要包括α多样性、β多样性和γ多样性。 α多样性（局域多样性）关注的是一个特定生境或小区域内物种的丰富度，反映了该生境内的物种数目。例如，Gleason指数通过...
- 2021-10-16 02:17本项目以Matlab 2014为开发平台，深入探讨了如何利用编程技术来实现α多样性的计算。 在Matlab 2014中，我们可以利用其强大的数学和统计功能来设计和实现各种α多样性指数的算法。Matlab是一种交互式的矩阵和数值...
- 2023-08-06 21:07诗哲 ZHANG的博客 群落生态学中研究微生物多样性，通过单样品的多样性分析（α多样性）可以反映微生物群落的丰度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。反映的是群落内物种的分配状况，也即各物种相对...
- 2023-06-20 23:56wangyueand的博客 =“NA”) α_Shannon (data4,lev = “alpha”,q=1) ## 平均alpha Shannon多样性 a1 (α_Shannon) a1$u (i in 1:186){ data1[(1+6i):(6+6i),] data2 [,-(1:3)] data3 [,-(7:8)] data3=as.data.frame(lapply(data3,as....
- 2020-12-07 13:15石化橙子的博客 写在前面alpha多样性是进行生物群落研究的最基础方法，关于alpha多样性指数的介绍和计算在网上有茫茫多的资料，本文将不会花费大量篇幅介绍这些基础知识，而是重点带来对alpha多样性进行统计学分析并直接生成图像的...
- 2020-12-08 07:54weixin_39540271的博客 R语言绘制Alpha多样性曲线在微生物16S/ITS/18S测序分析及相关的文章中，我们经常可以看到这样的图，称为稀释曲线(Rarefaction curves)。稀释曲线是从样品中随机抽取一定测序量的数据(序列条数)，统计它们所对应的...
- 2025-04-23 02:00生信学习者1的博客 本教程为读者呈现了宏基因组α和β多样性分析的完整案例。通过实际数据和详细步骤，读者可以深入理解这两种分析方法及其在R语言中的实现过程。教程中不仅提供了清晰的代码示例，还对每一步骤进行了详细解释，使读者...
- 2021-07-20 10:37作图帮的博客 今天小编给大家分享的是alpha多样性指数分析的干货~ Question 1：什么是alpha多样性指数分析...alpha多样性指数主要包括：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等。 Questi
- 2018-08-03 10:42猿大人007的博客 Alpha多样性 通常用Richness,Chao1，Shannon，Simpson，Dominance和...## 1 计算 α生物多样性指数 软件： R软件中vegan包 ## 1 第一步输入数据整理成矩阵 >data = read.table(inputFile, header = T, se...
- 2025-11-17 01:19KY主创的博客 想象你站在一片热带雨林中，耳边是鸟鸣虫叫，眼前是层层叠叠的植被。你可能会问：“这里有多‘多样’？答案并不只是“种类多不多”，而是...这三个维度共同构成了所谓的α多样性—— 即某一特定生境内部的物种复杂性 。
- 2020-08-26 19:51马志远的生信笔记的博客 alpha (x, tree = NULL, base = exp(1)) { est (x) Richness [1, ] Chao1 [2, ] ACE [4, ] Shannon (x, index = 'shannon', base = base) Simpson (x, index = 'simpson') #Gini-Simpson 指数 Pielou (Richness,...
- 2018-08-16 09:55猿大人007的博客 每一行是一个样本，每一列是一个物种（OTU）,统计每一行（即每一样本）的多样性指数 不多说直接上代码 set.seed(1000) dataT2 = rrarefy(dataT, min(rowSums(dataT))) dataT2=rrarefy(dataT,min(rowSums(dataT)...
- 2025-10-17 13:04三兔测序学社的博客 详细阐述了11种常用指数：香农-威纳指数（整体多样性）、辛普森指数（随机取样概率）、Chao1（稀有克隆敏感）、Pielou（均匀度）、Margalef（丰富度）等，提供计算公式、生物学意义和应用场景，为免疫组库分析提供...
- 2021-05-12 09:01在宁夏盐池县试验区封育近10a的荒漠草原围栏内研究植物群落的物种多样性，用样线取样法在坡面尺度上调查不同坡位上植物群落的α多样性与β多样性，结果表明，多样性指数（Shannon-Wiener指数，H）、物种丰富度指数...
- 2018-12-30 00:00刘永鑫Adam的博客 度量α-多样性的指数有很多，常用的如Simpson index, Shannon-Weiner index, Pielou evenness, Simpson evenness等。随着二代测序的广泛应用，基于序列数据而出现的Chao1 value, OTU number等，也被推广使用。虽然...
- 2024-02-27 00:22羽球最强生信人的博客 看了网上的很多A多样性箱线图，但是都很一般，而且带显著性标记的也很少，那么今天就出一期如何做出好看的A多样性箱线图。先说下需要的两个文件：抽平过的OTU表和分组表。OTU表：flat_ASV.xlsx。分组表：group.xlsx...
- 2017-06-27 17:31刘永鑫Adam的博客 指数计算多样性(diversity)，是mothor中的方法，来自dominance指数的变形，而dominance计算为每个OTU比例平方再求合，与shannon的方法类似，原理是想用一个数代表整体群体中每个OTU的数量和丰度信息(richness和...
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