table1中Fisher检验P值问题

Question

在做Fisher检验的时候出现报错

Error in fisher.test(table(y, g)) :
FEXACT[f3xact()] error: hash key 3e+09 > INT_MAX, kyy=2863, it[i (= nco = 4)]= 474.
Rather set 'simulate.p.value=TRUE'

代码如下，请问如何解决

```r
pvalue <- function(x, ...){
  y <- unlist(x)
  g <- factor(rep(1:length(x),times=sapply(x,length)))
  if (is.numeric(y)){
    p <- t.test(y ~ g)$p.value
  }else{
    p <- fisher.test(table(y,g))$p.value
  }
  c("",sub("<","&lt;",format.pval(p,digits = 3,eps = 0.001)))
}

table1(~factor(data$Sex)
       +factor(data$age_classification)
       +factor(data$Race)
       +factor(data$primary_site)
       +factor(data$histology)
       +factor(data$tumor_size)
       +factor(data$Grade)
       +factor(data$AJCC.T)
       +factor(data$AJCC.N)
       +factor(data$AJCC.M)
       +factor(data$AJCC.Stage)|data$dataset*data$lymph.node.classification,
       data=data,overall=F,extra.col=list("P-value"=pvalue),topclass="Rtable1-zebra")

```

Answer 1

该回复引自免费微信小程序-皆我百晓生:

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根据报错信息，你可以尝试在fisher.test函数中设置simulate.p.value参数为TRUE来解决问题。修改代码如下：

pvalue <- function(x, ...){
  y <- unlist(x)
  g <- factor(rep(1:length(x),times=sapply(x,length)))
  if (is.numeric(y)){
    p <- t.test(y ~ g)$p.value
  }else{
    p <- fisher.test(table(y,g), simulate.p.value=TRUE)$p.value
  }
  c('',sub('<','&lt;',format.pval(p,digits = 3,eps = 0.001)))
}

table1(~factor(data$Sex)
       +factor(data$age_classification)
       +factor(data$Race)
       +factor(data$primary_site)
       +factor(data$histology)
       +factor(data$tumor_size)
       +factor(data$Grade)
       +factor(data$AJCC.T)
       +factor(data$AJCC.N)
       +factor(data$AJCC.M)
       +factor(data$AJCC.Stage)|data$dataset*data$lymph.node.classification,
       data=data,overall=F,extra.col=list('P-value'=pvalue),topclass='Rtable1-zebra')

通过设置simulate.p.value=TRUE，可以使用模拟方法来计算Fisher检验的P值，从而避免报错。希望这个解决方案对你有帮助！