在分析RNA数据想做差异表达分析，发现找的数据是在RSEM值的基础上加1取了log2的，看了一下表达值都是带小数的，这样的数据还能用DEseq2包分析吗？如果不行的话，该怎么做数据转换？或者还有其他的包可以用来做吗？
1条回答 默认 最新
- 2021-09-24 09:22柚子味的羊的博客 文章目录生信入门（三）——使用DESeq2进行RNA-seq数据分析一、学习目标二、实验数据1、数据来源2、建模计数数据3、转录本丰度4、salmon定量三、用tximport导入R1、指定文件位置2、将转录本映射到基因 今日学习内容...
- 2021-08-11 15:27在IT行业中，Linux/Unix编程是开发者们常常涉足的领域，尤其对于系统级编程和设备驱动开发来说，熟悉这些操作系统是至关重要的。标题中的"locking-selftest-rsem.rar"暗示了这是一个关于Linux内核锁机制的自我测试...
- 2022-01-21 20:00镰刀韭菜的博客 Analyzing RNA-seq data with DESeq2基于DESeq2分析RNA-seq数据Abstract标准流程快速上手如何获取DESeq2的帮助致谢资金支持输入数据为何必须输入非标准化（非均一化）的counts值？DESeqDataSet 基于DESeq2分析RNA-...
- 2021-04-08 02:46project先决条件的Python 3 迷你conda蛇纹R包DESeq2 tximportData tximport 读卡器ggplot2 dplyr 量具gageData 路径视图注释Dbi org.hs.eg.db RColorBrewer 秘籍图增强火山clusterProfiler 生物基质边缘R 整洁的脚步...
- 2020-12-31 03:17葛瞳的博客 DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对count data数据进行处理，都是基于负二项分布模型。...
- 2020-02-18 22:30懒惰的阿呆的博客 DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。 DESeq2要求矩阵是没有标准化的。 下面是基本流程： 一、准备工作： 确定工作路径，以确保上传文件时无误 getwd() #显示当前工作目录 setwd() #设置工作目录 操作实例： &...
- 2020-12-13 07:00刘永鑫Adam的博客 DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对co...
- 2021-04-29 14:55nf-core / rnaseq是用于RNA测序数据的生物信息学分析管道。 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 ...
- 2024-08-16 07:52裴才隽Tanya的博客 RSEM：RNA-Seq数据分析的强大工具 RSEMRSEM: accurate quantification of gene and isoform expression from RNA-Seq data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rs/RSEM 项目介绍 RSEM（RNA-Seq by Expectation...
- 2021-04-28 00:25HISAT2和StringTie2可以从运行hisat_stringtie运行./map.sh然后./quant.sh 。 可以通过运行./run.sh从star_rsem运行STAR和RSEM。 Kallisto酒店可以从运行kallisto运行./quant.sh 。 测试数据 用于比较工作流程的...
- 2023-07-11 10:21Living 1024的博客 rsem rsem-prepare-reference EXITING because of FATAL PARAMETER ERROR: limitGenomeGenerateRAM=31000000000is too small for your genome
- 2020-08-17 17:17qq_39306047的博客 rsem-calculate-expression http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/rsem-calculate-expression.html NAME SYNOPSIS ARGUMENTS BASIC OPTIONS ADVANCED OPTIONS DESCRIPTION OUTPUT EXAMPLES NAME rsem-calculate-...
- 2022-09-24 22:17生信小博士的博客 【代码】Differential gene expression analysis usingDESeq2(comprehensive tutorial)可以直接使用 很全。
- 2018-02-04 19:46weixin_34290096的博客 RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术，一般的用法就是看看基因表达谱，寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘，也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-seq数据分析一无所知，跑了"tophat+...
- 2021-02-26 14:40wangchuang2017的博客 DESeq2详解 ... 这是一个系列文，包括：从标准的workflow...本文介绍在差异表达分析之前的操作步骤，主要是DESeq2导入数据和预处理，DESeq2对导入不同数据类型兼容性很好。 导入数据 Why un-normalized counts? DESeq2
- 2021-03-05 10:1810. **编程和数据分析工具**：熟悉Python、R语言和Unix/Linux环境是必要的，因为大部分基因组分析工具和库都是基于这些平台的。了解如何使用Bioconductor和BioPython等生物信息学库将提高分析效率。 参与【i2a2基因...
- 2021-05-07 13:42工具获取数据 资料格式 读取对齐 变异分析皮卡德转录组分析剪接点映射器tophat2 成绩单组装/量化袖扣扎带表示rsem 重新读取卡利斯托旗鱼三文鱼从头转录组组装三位一体 工作流程有关说明，请参见每个工作流程目录中的...
- 2020-12-22 07:16weixin_39909859的博客 有些战友对利用单基因GSEA分析TCGA RNA-seq数据仍有些不解，我举个例子做个简单比较说明(基于broad 的javaGSEA)。(一)目的单基因GSEA分析的目的，简单说就是寻找与你感兴趣的基因表达相关的调控通路或生物学功能。单...
- 2021-01-12 02:26四川华西段伟强的博客 DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对count data数据进行处理，都是基于负二项分布模型。...
- 没有解决我的问题, 去提问
问题事件
创建了问题
11月10日
悬赏问题
- ¥15 CCF-CSP 2023 第三题 解压缩(50％)
- ¥30 comfyui openpose报错
- ¥20 Wpf Datarid单元格闪烁效果的实现
- ¥15 图像分割、图像边缘提取
- ¥15 sqlserver执行存储过程报错
- ¥100 nuxt、uniapp、ruoyi-vue 相关发布问题
- ¥15 浮窗和全屏应用同时存在，全屏应用输入法无法弹出
- ¥100 matlab2009 32位一直初始化
- ¥15 Expected type 'str | PathLike[str]…… bytes' instead
- ¥15 三极管电路求解，已知电阻电压和三级关放大倍数