R语言出现subscript out of bounds

Question

问题遇到的现象和发生背景

对disease.txt内基因进行机器学习筛选时，出现subscript out of bounds
“1.norexp_GSE57782.txt”为基因表达矩阵
“disease.txt”内为基因

操作环境、软件版本等信息

> rt=read.table(inputFile, header=T, sep="\t", check.names=F)
> rt=as.matrix(rt)
> rownames(rt)=rt[,1]
> exp=rt[,2:ncol(rt)]
> dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
> data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
> data=avereps(data)
> data=t(data)
> data=data[,read.table("disease.txt", header=F, sep="\t", check.names=F)[,1]]
Error in data[, read.table("disease.txt", header = F, sep = "\t", check.names = F)[,  : 
  subscript out of bounds

在读取数据时出现subscript out of bounds错误

我想要达到的结果

解决报错

Answer 1

由人工智能和答主提供，可以参考如下，如果回答的不正确，及时评论区回复，我追加回答，谢谢。

这个错误是因为在筛选基因表达矩阵时，索引超出了数据的范围。为了解决这个问题，你需要确保筛选的基因在数据中存在。你可以尝试以下方法：

1. 检查 "disease.txt" 文件中的基因是否都在 "1.norexp_GSE57782.txt" 文件中。你可以使用以下代码来查看两个文件中的基因：

genes_in_disease <- read.table("disease.txt", header=F, sep="\t", check.names=F)[,1]
genes_in_expression <- colnames(rt[,2:ncol(rt)])
intersect(genes_in_disease, genes_in_expression)

1. 如果上述方法找到了交集，那么你可以继续使用交集中的基因进行筛选。例如，如果你发现交集中有 "geneA" 和 "geneB"，你可以这样筛选：

data <- data[, geneA]
data <- data[, geneB]

1. 如果没有找到交集，那么你需要检查 "disease.txt" 文件中的基因是否正确。你可以使用以下代码来查看 "disease.txt" 文件中的基因：

read.table("disease.txt", header=F, sep="\t", check.names=F)[,1]

希望这些建议能帮助你解决问题。