构建系统发育树进行plot绘图时出现无限报错

Question

构建系统发育树时，最后运用plot函数出现报错，有什么解决办法吗

> tree=tree$scenario.3
> plot(tree)
Error in plot.window(...) : 'xlim'值不能是无限的
此外: Warning messages:
1: In min(x) : min里所有的参数都不存在; 回覆Inf
2: In max(x) : max里所有的参数都不存在；回覆-Inf
3: In min(x) : min里所有的参数都不存在; 回覆Inf
4: In max(x) : max里所有的参数都不存在；回覆-Inf
> 

Answer 1

该回答引用自GPT-3.5,由博主GISer Liu编写：

根据你提供的错误信息，问题出现在绘制系统发育树时的坐标范围设置上。报错提示中指出 'xlim'值不能是无限的，这意味着绘图函数中的 x 轴范围设置出了问题。同时，报错信息中还提到了 min 和 max 函数的参数问题，说明在计算坐标范围时可能出现了一些异常情况。

针对这个问题，你可以尝试以下解决方案：

1. 检查数据： 首先，确保系统发育树数据 tree 是正确的，并且不含有任何异常值或无限值。可以通过查看数据的摘要信息或直接检查数据是否包含无限值来确认。

2. 设置合理的坐标范围： 在绘制系统发育树时，显式设置合理的 x 轴和 y 轴的范围。你可以通过手动指定范围的方式来解决这个问题。例如，如果你的数据范围是已知的，可以根据数据的最小值和最大值来设置合适的范围，确保不包含无限值。

   plot(tree, xlim=c(min_value, max_value), ylim=c(min_value, max_value))
   

   其中 min_value 和 max_value 分别是 x 和 y 轴的最小值和最大值。

3. 排除异常值： 如果数据中存在异常值，可以考虑在绘图前将其排除，以确保绘图函数能够正确运行。你可以使用适当的方法，如删除异常值或替换为其他合适的数值。

4. 更新绘图函数或库： 如果以上方法都无法解决问题，可能是绘图函数本身或相关库的问题。尝试更新 R 语言或系统发育树绘图库的版本，看看是否有已知的问题修复或更新。

5. 查找帮助文档和示例： 最后，你可以查阅绘图函数的文档或搜索相关的示例代码，看看是否有针对这个问题的解决方案或建议。

综上所述，你可以先检查数据，然后尝试手动设置合理的坐标范围，如果问题仍然存在，可以考虑其他的解决方案或寻求更多帮助。

如果该回答解决了您的问题，请采纳！如果没有，请参考以下方案进行修订