负链基因的坐标如何用IGV软件定位

Question

想咨询一个比较基础的问题，我在使用IGV（Integrative Genomics Viewer）软件时，染色质“负链”上的基因应该如何书写它在染色质上的坐标，我们用的相对位置是以负链为准的，例如：chr4:143324091-143383879- 后面有一个负号，但是IGV不识别，默认直接转换成了正链的坐标，像这种如何检索这个基因的位置（获得的只有位置信息，没有序列信息），IGV软件搜索是不是只能输入正链信息 或者序列才能定位？难道必须要用sequence text viewer转换一下才能用吗？负链坐标必须转换成正链坐标吗？

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引自免费微信小程序：皆我百晓生

在IGV软件中，通常是以正链（Watson链）的坐标系统来定位基因和序列。如果你获得的是负链（Crick链）上的基因坐标，并且带有负号表示，IGV并不会自动识别并转换为正链坐标。然而，由于染色体是双链互补的，负链上的位置可以通过一定的转换规则对应到正链上。

具体而言，对于一个负链上的基因坐标chr4:143324091-143383879-，你不需要手动转换这个坐标，而是可以按照以下方式操作：

1. 直接输入正链坐标：查找该基因对应的正链坐标，可通过计算或查阅相关注释文件得到。如果已知负链坐标，理论上可以通过加上相应片段长度（即DNA双链长度相等）进行转换，但由于反转录和复制过程中可能存在的复杂性，建议直接使用正确的正链坐标。

2. 利用参考基因组信息：若你的数据集基于某个参考基因组，该参考基因组通常会提供所有基因在正链上的起始和终止坐标，你可以根据这些信息在IGV中搜索。

3. 加载BED文件：如果你有一份包含负链基因坐标的BED文件，你可以在不转换坐标的情况下，直接将此文件加载到IGV中。虽然IGV界面显示的仍然是正链方向，但 BED 文件中的区间定义会正确映射到负链上。

请注意，尽管如此，在实际应用中，大多数生物信息学工具和数据库都是基于正链坐标系统，因此最佳做法通常是确保手头的数据已转换为正链坐标体系。对于检索目的，直接用正链坐标在IGV中搜索即可定位到相应区域。