关于#python#的问题：分割尺寸和spacing

Question

#我在做分割影像组学实验
分割出来的mask大小为128×128×128，spacing为1×1×1，但是我训练验证的图像标签大小是128×128×128，spacing不是统一的，我想做影像组学实验的时候，是不是要把图像和分割出来的mask，他俩的size和spacing统一？
或者帮我改一下下面这段代码，我写的代码虽说是能把size和spacing改成128×128×128和1×1×1，但是内容被剪裁了很多
附：我写的代码

import os
import SimpleITK as sitk

def resize_nii_files(input_directory, output_directory, new_size=(128, 128, 128)):
    for filename in os.listdir(input_directory):
        if filename.endswith('.nii.gz'):
            input_filepath = os.path.join(input_directory, filename)
            output_filepath = os.path.join(output_directory, filename)
            image = sitk.ReadImage(input_filepath)
            
            # 获取当前尺寸和间距
            current_size = image.GetSize()
            current_spacing = image.GetSpacing()
            
            # 调整图像大小
            resampler = sitk.ResampleImageFilter()
            resampler.SetSize(new_size)
            resampled_image = resampler.Execute(image)
            
            # 插值调整间距
            resampled_spacing = [current_spacing[i] * current_size[i] / new_size[i] for i in range(3)]
            resampled_image.SetSpacing(resampled_spacing)
            
            # 更新为1x1x1
            resampled_spacing = [1.0, 1.0, 1.0]
            resampled_image = sitk.Resample(resampled_image, new_size, sitk.Transform(), sitk.sitkLinear, resampled_image.GetOrigin(), resampled_spacing, resampled_image.GetDirection(), 0.0, resampled_image.GetPixelID())
            
            # 保存调整后的图像
            sitk.WriteImage(resampled_image, output_filepath)

# 指定输入和输出目录
input_directory = 'xxx'
output_directory = 'yyy'

# 创建输出目录
if not os.path.exists(output_directory):
    os.makedirs(output_directory)

# 调整所有.nii.gz文件
resize_nii_files(input_directory, output_directory)

Answer 1

让阿豪来帮你解答，本回答参考chatgpt3.5编写提供，如果还有疑问可以评论或留言

你的问题是：在做分割影像组学实验时，分割出来的mask大小为128×128×128，spacing为1×1×1，但是你训练验证的图像标签大小是128×128×128，spacing不是统一的，你想知道是否要把图像和分割出来的mask，他俩的size和spacing统一？ 回答： 在影像组学实验中，图像和mask的大小和间距应该保持一致，这有助于后续处理步骤的一致性和可靠性。 在代码方面，你的代码存在以下问题：

1. 对于间距的修改，代码中使用了插值来调整间距，但插值可能会导致图像质量损失，因此建议直接设置间距为1x1x1。
2. 对于图像大小的修改，代码中使用了ResampleImage filter来调整图像大小，但这会导致图像内容被剪裁。建议使用Crop filter来裁剪图像而不是使用ResampleImage filter来调整大小。 下面是修改后的代码：

import os
import SimpleITK as sitk
def resize_nii_files(input_directory, output_directory, new_size=(128, 128, 128)):
    for filename in os.listdir(input_directory):
        if filename.endswith('.nii.gz'):
            input_filepath = os.path.join(input_directory, filename)
            output_filepath = os.path.join(output_directory, filename)
            image = sitk.ReadImage(input_filepath)
            
            # 获取当前尺寸和间距
            current_size = image.GetSize()
            current_spacing = image.GetSpacing()
            # 调整图像大小
            resampled_image = sitk.Crop(image, (current_size[0]-new_size[0])//2, 
                                        (current_size[1]-new_size[1])//2, (current_size[2]-new_size[2])//2,
                                        0,0,0)
            resampled_image.SetSpacing((1.0, 1.0, 1.0))
            # 保存调整后的图像
            sitk.WriteImage(resampled_image, output_filepath)
# 指定输入和输出目录
input_directory = 'xxx'
output_directory = 'yyy'
# 创建输出目录
if not os.path.exists(output_directory):
    os.makedirs(output_directory)
# 调整所有.nii.gz文件
resize_nii_files(input_directory, output_directory)

在修改后的代码中，我们使用了Crop filter来裁剪图像，并将间距设为1x1x1，以保证图像和mask的大小和间距一致。