Error in eval(expr, p) : 找不到对象'exposure_dat_clumped，如何解决？(标签-MR|关键词-Sam)

Question

Error in eval(expr, p) : 找不到对象'exposure_dat_clumped'

生信自学网的代码，没有自己改

> #引用包
> library(TwoSampleMR)
TwoSampleMR version 0.5.10 
[>] New: Option to use non-European LD reference panels for clumping etc
[>] Some studies temporarily quarantined to verify effect allele
[>] See news(package='TwoSampleMR') and https://gwas.mrcieu.ac.uk for further details

> 
> exposureFile="exposure.pvalue.csv"     #输入文件
> setwd("E:\\zhuomian\\lianxi2\\175.MendelianDmseo888\\05.LD")      #设置工作目录
> 
> #读取输入文件
> exposure_dat<-read_exposure_data(filename=exposureFile,
+                                  sep = ",",
+                                  snp_col = "SNP",
+                                  beta_col = "beta.exposure",
+                                  se_col = "se.exposure",
+                                  effect_allele_col = "effect_allele.exposure",
+                                  other_allele_col = "other_allele.exposure",
+                                  eaf_col = "eaf.exposure",
+                                  samplesize_col = "samplesize.exposure",
+                                  clump = F)
No phenotype name specified, defaulting to 'exposure'.
Inferring p-values
> 
> #去除连锁不平衡的SNP
> exposure_dat_clumped <- clump_data(exposure_dat, clump_kb=10000, clump_r2=0.001)
API: public: http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/
Please look at vignettes for options on running this locally if you need to run many instances of this command.
Clumping Z7TQ9n, 16301 variants, using EUR population reference
No encoding supplied: defaulting to UTF-8.
Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump",  : 
  cannot mtfrm
> write.csv(exposure_dat_clumped, file="exposure.LD.csv", row.names=F)

Answer 1

让阿豪来帮你解答，本回答参考chatgpt3.5编写提供，如果还有疑问可以评论或留言

问题：为什么会出现 "Error in eval(expr, p) : 找不到对象'exposure_dat_clumped'" 的错误？ 回答：这个错误表示在代码中的某个地方使用了对象 'exposure_dat_clumped'，但是该对象并不存在或者没有被正确定义。在这段代码中，'exposure_dat_clumped' 是通过 clump_data 函数创建的一个对象，但是在对该对象进行操作时出现了错误。可能的原因有：

1. 在 clump_data 函数调用时出现了问题，没有正确地创建 exposure_dat_clumped 对象；
2. exposure_dat_clumped 对象不存在或者被删除；
3. exposure_dat_clumped 对象被不正确地复制或者移动，导致在后续代码中无法找到它。 为了解决这个问题，可以尝试检查创建 exposure_dat_clumped 对象的代码，确保它正确地创建了该对象。如果对象已经存在，可以检查它的变量名是否正确拼写，并确认它所存在的作用域是否适合后续的操作。如果对象已经被删除或者复制，可以尝试重新创建它或者修改后续的代码，以便正确地引用它。在排查问题时，可以使用 print 函数输出一些调试信息，帮助确定问题出现的位置。例如，在代码中添加如下语句：

print(exposure_dat_clumped)

这会输出 exposure_dat_clumped 的内容，帮助检查是否存在问题。