CNVcaller分析数据输出空白文件

Question

为什么我的bam文件经过cnvcaller 的Individual.Process.sh脚本分析后RD_normalized文件夹中的输出文件都是空白啊。在数据分析过程中并没有报错。

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

根据您提供的信息，我猜测您可能遇到了一个与BAM文件处理相关的问题。在BAM文件处理过程中，有许多可能的原因会导致RD_normalized文件夹中的输出文件为空白。以下是一些建议您检查的方面：

1. 确保BAM文件格式正确。您可以通过使用BAM文件查看工具（如BAMT）来检查BAM文件的质量。
2. 检查Individual.Process.sh脚本是否存在任何语法错误或逻辑错误。您可以在脚本的开头添加一些调试语句，以便更好地了解脚本在处理BAM文件时发生了什么。
3. 确保您正确设置了CNVcaller的参数。例如，确保您正确设置了输入和输出文件夹。
4. 检查您的系统是否具有足够的资源（如内存和磁盘空间）来处理BAM文件。

为了更好地帮助您解决问题，您可以提供更多关于您的实验设置和数据的详细信息。