r语言，DEseq2安装

Question

#DEseq2安装出错
求解答，感谢感谢！！好人一生平安！

请问各位R语言da lao们
为什么输入这段代码：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("DESeq2")

之后还是一直报错：

'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see
'help("repositories", package = "BiocManager")' for details.
Replacement repositories:
    CRAN: https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/
Bioconductor version 3.18 (BiocManager 1.30.22), R 4.3.3 (2024-02-29 ucrt)
Installing package(s) 'DESeq2'
还安装相依关系‘bitops’, ‘formatR’, ‘colorspace’, ‘utf8’, ‘RCurl’, ‘GenomeInfoDbData’, ‘zlibbioc’, ‘abind’, ‘crayon’, ‘SparseArray’, ‘lambda.r’, ‘futile.options’, ‘farver’, ‘labeling’, ‘munsell’, ‘R6’, ‘RColorBrewer’, ‘viridisLite’, ‘fansi’, ‘magrittr’, ‘pillar’, ‘pkgconfig’, ‘GenomeInfoDb’, ‘XVector’, ‘S4Arrays’, ‘DelayedArray’, ‘futile.logger’, ‘snow’, ‘BH’, ‘cli’, ‘glue’, ‘gtable’, ‘isoband’, ‘lifecycle’, ‘rlang’, ‘scales’, ‘tibble’, ‘vctrs’, ‘withr’, ‘S4Vectors’, ‘IRanges’, ‘GenomicRanges’, ‘SummarizedExperiment’, ‘BiocGenerics��, ‘Biobase’, ‘BiocParallel’, ‘matrixStats’, ‘locfit’, ‘ggplot2’, ‘Rcpp’, ‘MatrixGenerics’, ‘RcppArmadillo’

试开URL’https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/4.3/bitops_1.0-7.zip'
Content type 'application/zip' length 31813 bytes (31 KB)
downloaded 31 KB

我应该，怎么办啊

Answer 1

让阿豪来帮你解答，本回答参考chatgpt3.5编写提供，如果还有疑问可以评论或留言

问题分析： 根据报错信息和代码，可以看出是因为在安装DESeq2包时，同时该包有很多相依关系需要安装，但是下载这些相依关系时出现了问题。具体来说，是getOption("repos")函数替换了Bioconductor标准仓库导致的。解决方法需要先了解一下Bioconductor和BiocManager。 Bioconductor是一个生物信息学软件平台，为各种生物学数据提供了丰富的面向对象的软件包，可以方便用户完成从数据预处理到数据分析的全部过程。而BiocManager是Bioconductor的软件包安装器，通过它可以方便地安装、更新、管理Bioconductor软件包。 解决方案： 需要设置正确的CRAN和Bioconductor仓库，同时安装并加载BiocManager包，然后通过BiocManager安装DESeq2和其相依关系。具体步骤如下：

1. 设置CRAN和Bioconductor仓库： options(repos = c(CRAN = "https://cloud.r-project.org", BioC = "https://bioconductor.org/packages/release/bioc"))
2. 安装并加载BiocManager包： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") library("BiocManager")
3. 通过BiocManager安装DESeq2和其相依关系： BiocManager::install("DESeq2") 如果还是出现错误，可以尝试使用以下命令更新BiocManager和依赖包后再尝试安装DESeq2： BiocManager::install(c("BiocManager", "Biobase", "ggplot2", "GenomicRanges", "DESeq2"), dependencies = TRUE) 示例代码： 下面是一个完整的示例代码，可供参考：

设置CRAN和Bioconductor仓库

options(repos = c(CRAN = "https://cloud.r-project.org", BioC = "https://bioconductor.org/packages/release/bioc"))

安装并加载BiocManager包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") library("BiocManager")

安装DESeq2和其相依关系

BiocManager::install(c("Biobase", "ggplot2", "GenomicRanges", "DESeq2"), dependencies = TRUE)