孟德尔随机化r语言运行问题

Question

孟德尔随机化R语言运行过程中，需要一个token，自动跳到网页验证，但是网页的服务器老是打不开，后来我在网上找到一些办法，说是在Github设置一个Personal access tokens，在R语言运行usethis：：edit_r_environ()设置GITHUB_TOKEN的一个口令，之后安装相应的R包去运行，但是成果安装之后，还是自动转跳网页验证。

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

针对您在使用R语言进行孟德尔随机化（Mendelian Randomization, MR）分析时遇到的token验证问题，以及您尝试通过设置Personal Access Tokens (PAT) 来解决这一问题但依然无效的情况，我将为您提供详细的解决方案。根据您的描述，问题主要出现在调用extract_instruments()函数时需要进行网页验证，而您已尝试在.Renviron文件中设置了GITHUB_PAT环境变量。为解决这个问题，我们将按照以下步骤进行排查和处理：

步骤一：检查PAT设置是否正确

1. 确认PAT是否有效：首先，请确保您在GitHub上创建的PAT具有必要的权限。为了访问GitHub上的数据资源，PAT至少需要包含public_repo权限。您可以在GitHub账户的Personal access tokens页面查看、管理或重新生成PAT。

2. 检查.Renviron文件路径与内容：

   • 路径：确认.Renviron文件位于正确的用户目录下，即C:/Users/蛙先生/.Renviron。这个文件应位于您的主用户目录下，且名称和路径均无误。

   • 内容：根据您提供的截图，.Renviron文件中的PAT设置似乎有误。正确的键值对应为：

     GITHUB_PAT=ghp_h9qWuLmHnu220bbbb
     

     注意没有多余的空格，且等号两边无引号。请检查并修正您的.Renviron文件，确保PAT设置正确无误。

3. 刷新R环境：

   • 重启R会话：关闭当前R Studio或R终端，然后重新打开，让新的R会话加载修改后的.Renviron文件。

   • 手动刷新环境：如果您不想重启R会话，也可以在R中运行以下命令刷新环境：

     readRenviron("~/.Renviron")
     

     这将强制R读取并应用.Renviron文件中的环境变量。

步骤二：检查MR相关R包及其依赖

1. 确认所需R包版本：确保您使用的MR相关R包（例如TwoSampleMR、MendelianRandomization等）是最新的稳定版本。可以通过install.packages()或update.packages()命令进行安装或更新。

2. 检查依赖包：某些MR包可能依赖于其他需要访问GitHub的R包，这些包也可能需要使用PAT。请查阅您所使用的MR包文档，了解其依赖关系，并确保所有依赖包都已正确安装且能正常工作。

步骤三：调整代码及函数调用

1. 明确指定PAT：在调用涉及GitHub资源访问的函数时，可以尝试直接在函数参数中指定PAT。例如，如果extract_instruments()函数支持此类参数，您可以这样做：

   exposure_dat <- extract_instruments(
     exposureID,
     pl = le-ll,
     clump = TRUE,
     auth_token = Sys.getenv("GITHUB_PAT")  # 使用GITHUB_PAT环境变量作为auth_token
   )
   

   这样做有助于确保函数使用您设置的PAT而非默认的浏览器验证方式。

2. 查阅函数文档与示例：仔细阅读extract_instruments()函数的官方文档或 vignette，查找是否有与token验证相关的参数或设置方法。如果有示例代码，参照执行以确保您的调用方式正确。

步骤四：联系开发者或社区

1. 报告问题：如果以上步骤都无法解决问题，可能是MR包本身存在问题或与您的系统环境不兼容。您可以在相应R包的GitHub仓库中提交Issue，详细描述您的问题、系统环境信息（R版本、操作系统等）、已尝试的解决方案以及错误信息，以便开发者协助排查。

2. 寻求社区帮助：在R相关的社区论坛（如RStudio Community、Stack Overflow）发帖提问，提供详细的问题描述和已尝试的解决方案，可能会得到其他用户的帮助和建议。

综上所述，通过检查PAT设置、更新R包及其依赖、调整代码以及联系开发者或社区，应该能解决您在R语言中进行孟德尔随机化分析时遇到的token验证问题。请按上述步骤逐一排查并尝试，如果还有疑问或问题未能解决，欢迎继续向我咨询。