gwas 分析-plink 检查人口分层出现下面问题

Question

使用 plink 时出现图片中错误是怎么回事啊
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Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

在您提供的信息中，您尝试使用 PLINK 工具进行 GWAS（全基因组关联研究）分析，并遇到了一些错误提示。以下是针对这些错误的详细解读与解决建议：

错误一：

Unused command line option:--vcf
** Unused command line option: ALL. 2of4intersection. 20100804. genotypes. vcf. gz

解析： 这两条错误提示表明 PLINK 在解析命令行参数时，识别到了两个未使用的选项：--vcf 和 ALL. 2of4intersection. 20100804. genotypes. vcf.gz。通常，--vcf 是用于指定 VCF 格式输入文件的选项，但您并没有提供相应的操作（如转换、合并等）。而后者看起来像是一个具体的文件名，但它被误认为是未使用的命令行选项。

解决建议： 如果您确实打算使用 VCF 文件作为输入，请确保正确指定并使用 --vcf 参数。例如：

plink --vcf ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz <其他所需参数>

如果您不打算处理 VCF 文件，那么这两个选项可能是误输入或复制粘贴时的残留部分，应从命令行中移除。

错误二：

Missing an argument for --out

解析： 这个错误提示指出，在使用 --out 选项时，缺少所需的输出文件名参数。--out 选项要求紧跟一个字符串，用于指定 PLINK 分析结果的输出文件前缀。

解决建议： 为 --out 选项提供一个合适的输出文件前缀。例如：

plink --bfile ALL.2of4intersection.20100804.genotypes --set-missing-var-ids @:[b37]\$1,\$2 --make-bed --out output_prefix

其他注意事项：

1. 命令行中的路径和文件名应避免包含特殊字符和空格。如果确实存在，使用双引号将它们包围起来。
2. 确保所有文件（包括输入文件和预期输出目录）具有正确的访问权限，且文件路径正确无误。
3. --set-missing-var-ids @:[b37]\$1,\$2 这一部分似乎格式有误或包含了未定义的变量。如果您意图设置缺失变量子ID，请确认语法正确且所引用的变量已定义。若无需此操作，可移除该选项。

综上所述，调整后的 PLINK 命令示例可能如下：

plink --bfile "D:\path\to\ALL.2of4intersection.20100804.genotypes" --make-bed --out "output_prefix"

请根据您的实际需求调整上述命令，确保所有参数设置正确，路径和文件名无误。如问题依然存在，请提供完整的、期望执行的 PLINK 命令及更详细的错误描述，以便进一步排查。