使用 plink 时出现图片中错误是怎么回事啊
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引自免费微信小程序:皆我百晓生
在您提供的信息中,您尝试使用 PLINK 工具进行 GWAS(全基因组关联研究)分析,并遇到了一些错误提示。以下是针对这些错误的详细解读与解决建议:
错误一:
Unused command line option:--vcf
** Unused command line option: ALL. 2of4intersection. 20100804. genotypes. vcf. gz
解析: 这两条错误提示表明 PLINK 在解析命令行参数时,识别到了两个未使用的选项:--vcf
和 ALL. 2of4intersection. 20100804. genotypes. vcf.gz
。通常,--vcf
是用于指定 VCF 格式输入文件的选项,但您并没有提供相应的操作(如转换、合并等)。而后者看起来像是一个具体的文件名,但它被误认为是未使用的命令行选项。
解决建议: 如果您确实打算使用 VCF 文件作为输入,请确保正确指定并使用 --vcf
参数。例如:
plink --vcf ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz <其他所需参数>
如果您不打算处理 VCF 文件,那么这两个选项可能是误输入或复制粘贴时的残留部分,应从命令行中移除。
错误二:
Missing an argument for --out
解析: 这个错误提示指出,在使用 --out
选项时,缺少所需的输出文件名参数。--out
选项要求紧跟一个字符串,用于指定 PLINK 分析结果的输出文件前缀。
解决建议: 为 --out
选项提供一个合适的输出文件前缀。例如:
plink --bfile ALL.2of4intersection.20100804.genotypes --set-missing-var-ids @:[b37]\$1,\$2 --make-bed --out output_prefix
其他注意事项:
--set-missing-var-ids @:[b37]\$1,\$2
这一部分似乎格式有误或包含了未定义的变量。如果您意图设置缺失变量子ID,请确认语法正确且所引用的变量已定义。若无需此操作,可移除该选项。综上所述,调整后的 PLINK 命令示例可能如下:
plink --bfile "D:\path\to\ALL.2of4intersection.20100804.genotypes" --make-bed --out "output_prefix"
请根据您的实际需求调整上述命令,确保所有参数设置正确,路径和文件名无误。如问题依然存在,请提供完整的、期望执行的 PLINK 命令及更详细的错误描述,以便进一步排查。