2201_75863578 2024-04-21 19:13 采纳率: 0%
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已结题

gwas 分析-plink 检查人口分层出现下面问题

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使用 plink 时出现图片中错误是怎么回事啊
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  • 专家-赤兔[在线] 全栈领域优质创作者 2024-04-21 19:13
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    引自免费微信小程序:皆我百晓生

    在您提供的信息中,您尝试使用 PLINK 工具进行 GWAS(全基因组关联研究)分析,并遇到了一些错误提示。以下是针对这些错误的详细解读与解决建议:

    错误一:

    Unused command line option:--vcf
    ** Unused command line option: ALL. 2of4intersection. 20100804. genotypes. vcf. gz
    

    解析: 这两条错误提示表明 PLINK 在解析命令行参数时,识别到了两个未使用的选项:--vcfALL. 2of4intersection. 20100804. genotypes. vcf.gz。通常,--vcf 是用于指定 VCF 格式输入文件的选项,但您并没有提供相应的操作(如转换、合并等)。而后者看起来像是一个具体的文件名,但它被误认为是未使用的命令行选项。

    解决建议: 如果您确实打算使用 VCF 文件作为输入,请确保正确指定并使用 --vcf 参数。例如:

    plink --vcf ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz <其他所需参数>
    

    如果您不打算处理 VCF 文件,那么这两个选项可能是误输入或复制粘贴时的残留部分,应从命令行中移除。

    错误二:

    Missing an argument for --out
    

    解析: 这个错误提示指出,在使用 --out 选项时,缺少所需的输出文件名参数。--out 选项要求紧跟一个字符串,用于指定 PLINK 分析结果的输出文件前缀。

    解决建议:--out 选项提供一个合适的输出文件前缀。例如:

    plink --bfile ALL.2of4intersection.20100804.genotypes --set-missing-var-ids @:[b37]\$1,\$2 --make-bed --out output_prefix
    

    其他注意事项:

    1. 命令行中的路径和文件名应避免包含特殊字符和空格。如果确实存在,使用双引号将它们包围起来。
    2. 确保所有文件(包括输入文件和预期输出目录)具有正确的访问权限,且文件路径正确无误。
    3. --set-missing-var-ids @:[b37]\$1,\$2 这一部分似乎格式有误或包含了未定义的变量。如果您意图设置缺失变量子ID,请确认语法正确且所引用的变量已定义。若无需此操作,可移除该选项。

    综上所述,调整后的 PLINK 命令示例可能如下:

    plink --bfile "D:\path\to\ALL.2of4intersection.20100804.genotypes" --make-bed --out "output_prefix"
    

    请根据您的实际需求调整上述命令,确保所有参数设置正确,路径和文件名无误。如问题依然存在,请提供完整的、期望执行的 PLINK 命令及更详细的错误描述,以便进一步排查。

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  • 已结题 (查看结题原因) 4月22日
  • 创建了问题 4月21日

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