关于#r语言#rda分析作图的问题，请各位专家解答！

Question

用canoco5作图，只能做出左侧的大图，右侧不知道如何出图，希望知道右侧这六张小图是怎么做的

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

在您的描述中，您提到了使用R语言进行RDA（ redundancy analysis）分析，并希望制作与之相关的图形。您展示了左侧已绘制的大图，但对右侧六张小图的制作方法感到困惑。尽管您未提供具体的数据和代码示例，但从您的描述中可以推测您可能需要绘制RDA的响应变量（environmental variables）与RDA轴之间的关系图。这种类型的图通常用来展示各个环境变量在RDA空间中的分布及其与主成分轴的关系。

根据您的需求，以下是创建这类小图的一般步骤及相应的R代码示例。由于没有实际数据，以下代码仅供参考，您需要根据实际情况调整。

1. 加载所需包：首先确保已安装并加载用于RDA分析和绘图的相关包，如 vegan 和 ggplot2。

library(vegan)
library(ggplot2)

1. 执行RDA分析：假设您已经有一个名为 data 的数据框，其中包含两部分：species_data（物种数据）和 env_data（环境变量数据）。进行RDA分析：

rda_obj <- rda(species_data ~ ., data = data[, c("species_data", "env_data")])

1. 获取环境变量得分：利用 scores() 函数提取环境变量在RDA各轴上的得分。

env_scores <- scores(rda_obj, display = "sites", choices = 1:2) # 取前两轴

1. 绘制小图：使用 ggplot2 创建一个网格布局，分别绘制每个环境变量与两个RDA轴的关系。这里假设 env_data 列名即为环境变量名称。

env_vars <- colnames(data$env_data)

# 创建一个网格布局
grid_layout <- matrix(seq_len(length(env_vars)), nrow = 2)

# 绘制小图
for (i in seq_len(length(env_vars))) {
  p <- ggplot(env_scores, aes_string(x = "Axis.1", y = "Axis.2")) +
    geom_vline(xintercept = 0, linetype = "dashed") +
    geom_hline(yintercept = 0, linetype = "dashed") +
    geom_text(aes(label = env_vars[i]), size = 4, vjust = -0.¾, hjust = 0.5) +
    geom_point(size = 3, aes(color = env_vars[i])) +
    theme_bw() +
    theme(
      legend.position = "none",
      panel.grid.major = element_blank(),
      panel.grid.minor = element_blank(),
      axis.title = element_blank(),
      axis.text = element_blank(),
      axis.ticks = element_blank()
    )

  # 将当前子图添加到对应位置
  pushViewport(viewport(layout.pos.row = grid_layout[i, 1], layout.pos.col = grid_layout[i, 2]))
  print(p)
  popViewport()
}

这段代码将创建一个 3x2 网格布局，并在每个子图中绘制一个环境变量与 RDA 前两轴的关系图。请注意，由于没有实际数据，上述代码可能会出现错误。您需要根据实际数据结构和变量名称进行相应调整。同时，为了使图形更清晰，您可以适当调整 geom_text() 中的 vjust、hjust 参数以及点的大小、颜色等视觉元素。

以上就是根据您的描述构建RDA响应变量与RDA轴之间关系图的解决方案。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告知。