2301_79643683 2024-04-21 19:56 采纳率: 0%
浏览 11
已结题

关于#r语言#rda分析作图的问题,请各位专家解答!

img


用canoco5作图,只能做出左侧的大图,右侧不知道如何出图,希望知道右侧这六张小图是怎么做的

  • 写回答

19条回答 默认 最新

  • 专家-赤兔[在线] 全栈领域优质创作者 2024-04-21 19:56
    关注
    获得0.60元问题酬金

    引自免费微信小程序:皆我百晓生

    在您的描述中,您提到了使用R语言进行RDA( redundancy analysis)分析,并希望制作与之相关的图形。您展示了左侧已绘制的大图,但对右侧六张小图的制作方法感到困惑。尽管您未提供具体的数据和代码示例,但从您的描述中可以推测您可能需要绘制RDA的响应变量(environmental variables)与RDA轴之间的关系图。这种类型的图通常用来展示各个环境变量在RDA空间中的分布及其与主成分轴的关系。

    根据您的需求,以下是创建这类小图的一般步骤及相应的R代码示例。由于没有实际数据,以下代码仅供参考,您需要根据实际情况调整。

    1. 加载所需包:首先确保已安装并加载用于RDA分析和绘图的相关包,如 veganggplot2
    library(vegan)
    library(ggplot2)
    
    1. 执行RDA分析:假设您已经有一个名为 data 的数据框,其中包含两部分:species_data(物种数据)和 env_data(环境变量数据)。进行RDA分析:
    rda_obj <- rda(species_data ~ ., data = data[, c("species_data", "env_data")])
    
    1. 获取环境变量得分:利用 scores() 函数提取环境变量在RDA各轴上的得分。
    env_scores <- scores(rda_obj, display = "sites", choices = 1:2) # 取前两轴
    
    1. 绘制小图:使用 ggplot2 创建一个网格布局,分别绘制每个环境变量与两个RDA轴的关系。这里假设 env_data 列名即为环境变量名称。
    env_vars <- colnames(data$env_data)
    
    # 创建一个网格布局
    grid_layout <- matrix(seq_len(length(env_vars)), nrow = 2)
    
    # 绘制小图
    for (i in seq_len(length(env_vars))) {
      p <- ggplot(env_scores, aes_string(x = "Axis.1", y = "Axis.2")) +
        geom_vline(xintercept = 0, linetype = "dashed") +
        geom_hline(yintercept = 0, linetype = "dashed") +
        geom_text(aes(label = env_vars[i]), size = 4, vjust = -0.¾, hjust = 0.5) +
        geom_point(size = 3, aes(color = env_vars[i])) +
        theme_bw() +
        theme(
          legend.position = "none",
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          axis.title = element_blank(),
          axis.text = element_blank(),
          axis.ticks = element_blank()
        )
    
      # 将当前子图添加到对应位置
      pushViewport(viewport(layout.pos.row = grid_layout[i, 1], layout.pos.col = grid_layout[i, 2]))
      print(p)
      popViewport()
    }
    

    这段代码将创建一个 3x2 网格布局,并在每个子图中绘制一个环境变量与 RDA 前两轴的关系图。请注意,由于没有实际数据,上述代码可能会出现错误。您需要根据实际数据结构和变量名称进行相应调整。同时,为了使图形更清晰,您可以适当调整 geom_text() 中的 vjusthjust 参数以及点的大小、颜色等视觉元素。

    以上就是根据您的描述构建RDA响应变量与RDA轴之间关系图的解决方案。如有其他疑问或需要进一步的帮助,请随时告知。

    评论 编辑记录

报告相同问题?

问题事件

  • 系统已结题 4月29日
  • 创建了问题 4月21日

悬赏问题

  • ¥15 phython如何实现以下功能?查找同一用户名的消费金额合并—
  • ¥15 孟德尔随机化怎样画共定位分析图
  • ¥18 模拟电路问题解答有偿速度
  • ¥15 CST仿真别人的模型结果仿真结果S参数完全不对
  • ¥15 误删注册表文件致win10无法开启
  • ¥15 请问在阿里云服务器中怎么利用数据库制作网站
  • ¥60 ESP32怎么烧录自启动程序
  • ¥50 html2canvas超出滚动条不显示
  • ¥15 java业务性能问题求解(sql,业务设计相关)
  • ¥15 52810 尾椎c三个a 写蓝牙地址