孟德尔随机化使用extract_instruments函数提取在线数据出错，参数没有用(access_token = NULL) 问题。

Question

孟德尔随机化，提取暴露数据，使用TwoSample 0.6.0版本包提取在线数据报错，
bmi<-extract_instruments(outcomes='ebi-a-GCST90018933', p1 = 5e-08, clump=FALSE, access_token = NULL) #GWAS数据库提取
出现错误，

请问专家们该如何解决

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

看起来你在尝试使用TwoSampleMR包中的extract_instruments函数从GWAS Catalog中提取与BMI相关的仪器变量。根据你提供的错误信息，问题似乎在于access_token参数的设置。

在TwoSampleMR包的最新版本（0.6.0）中，access_token参数可能已经不再需要。根据包的文档，它可能会自动处理访问令牌。因此，要解决这个问题，你可以尝试删除access_token参数，只提供其他必需的参数，如outcomes、p1和clump等。

下面是修改后的代码示例：

# 删除access_token参数
bmi <- extract_instruments(
  outcomes = 'ebi-a-GCST90018933',
  p1 = 5e-08,
  clump = FALSE
)

如果仍然遇到问题，确保你已经安装了最新的TwoSampleMR包，并且正确加载了它：

if (!requireNamespace("TwoSampleMR", quietly = TRUE)) {
  install.packages("TwoSampleMR")
}
library(TwoSampleMR)

如果问题依然存在，可能是由于网络连接问题或其他未知原因导致的。在这种情况下，可以尝试稍后再试，或者检查你的互联网连接。如果你继续遇到问题，建议查看TwoSampleMR包的GitHub页面或联系作者寻求进一步的帮助。