R语言 TwoSample包提取在线GWAS数据API错误该怎么解决？

Question

R语言 TwoSample包提取在线GWAS数据API错误该怎么解决？
bmi<-extract_instruments(outcomes='ebi-a-GCST90018933', p1 = 5e-08, clump=FALSE)
报错：
Error in api_query("tophits", query = list(id = id, pval = pval, preclumped = preclumped, :
The query to MR-Base exceeded 300 seconds and timed out. Please simplify the query
是网络问题么？

Answer 1

以下内容由CHATGPT及阿里嘎多学长共同生成、有用望采纳：

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【问题概括】：用户在使用R语言的TwoSampleMR包提取在线GWAS数据时遇到了API查询超时的错误，需要找到解决这个问题的方法。

【问题出现原因】：根据用户描述，错误信息提示查询MR-Base的时间超过了300秒并导致超时。这可能是由于查询条件设置得过于复杂或数据量过大，导致API处理时间过长。

【问题解决方案】：为了解决这个问题，可以尝试以下方法：

1. 简化查询条件，减少数据量，例如提高p1的阈值，减少查询的SNP数量。
2. 检查网络连接，确保网络稳定。
3. 如果问题依旧存在，可以考虑使用本地GWAS数据进行分析，避免在线查询。

【提供代码】：以下是修改后的代码示例，它提高了p1的阈值以简化查询：

library(TwoSampleMR)
bmi <- extract_instruments(outcomes='ebi-a-GCST90018933', p1 = 1e-5, clump=FALSE)

【代码运行方式】：确保已经安装了TwoSampleMR包，并且在R环境中运行上述代码。

【代码预期运行结果】：如果修改后的代码能够成功运行，它将返回提取的GWAS数据而不会超时。

【推荐相关链接】：

• TwoSampleMR包的GitHub页面：TwoSampleMR - GitHub
• TwoSampleMR包的官方文档：TwoSampleMR Documentation
• MRC IEU的OpenGWAS数据库API文档：IEU OpenGWAS API

请注意，上述解决方案和代码是基于用户提供的信息和搜索结果中的信息提出的。如果问题依旧无法解决，建议联系TwoSampleMR包的开发者或在相关社区寻求帮助。