ChAMP包分析甲基化β值矩阵

Question

使用ChAMP包分析甲基化β值矩阵时，champ.filter 的最后一步修复异常值报错“选择了未被定义的列”

Fixing Outliers Start
    Replacing all value smaller/equal to 0 with smallest positive value.
Error in `[.data.frame`(Objects$beta, which(Objects$beta > 0)) : 
  undefined columns selected

在这之前的过滤都正常

  Filtering XY Start
    Filtering probes located on X,Y chromosome, removing 8917 probes from the analysis.

  Updating PD file
    filterDetP parameter is FALSE, so no Sample Would be removed.

有没有小伙伴知道这该怎么修改或是能不能把已经过滤出的结果提取保存下来，如能帮助万分感谢

Answer 1

请检查列名是否在数据集中正确匹配。

以上回复有部分引自免费微信小程序：皆我百晓生。 如问题尚未解决，还请稍待，如有疑问请回复进一步沟通。