最近在线读取暴露信息时，出现了如下报错：Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : argument is of length zero

Question

请各位指点！

exp <- extract_instruments(outcomes = 'ebi-a-GCST90014290',p1 = 5e-6,  
                           clump = TRUE,r2 = 0.01,kb = 10000)  

Answer 1

因为twoSampleMR包更新了，必须要加入另一个token参数，

先在https://api.opengwas.io/profile/这个网站上申请一个token，
然后我们打开Rstudio
输入Sys.setenv(OPENGWAS_JWT = "your_token")
引号内的内容换成网站提供的token

运行一下命令ieugwasr::get_opengwas_jwt()

发现可以返回token值，这里我们就配置好啦。
现在我们的函数就可以更改为这样了

exposure <- extract_instruments(outcomes='ukb-b-15926',
                                p1 = 5e-08,
                                clump = TRUE,
                                p2 = 5e-08,
                                r2 = 0.001,
                                kb = 10000,
                                opengwas_jwt =ieugwasr::get_opengwas_jwt())

下面这个链接说的很详细：
http://www.alearnerlin.top/index.php/2024/04/27/twosamplemr%E6%9B%B4%E6%96%B0%E5%95%A6%EF%BC%81%EF%BC%81%EF%BC%81/