R语言LEFSE分析差异微生物显著性如何优化

Question

R语言LEFSE分析
三组样本：正常组，疾病组1，疾病组2；
需要分析三组微生物样本的差异，不同分组需要两两对比。
问题：
1、三组一起进行LEFSE分析和单独两两分析，结果会不一样吗？
2、对照组和疾病组1、疾病组2，分析结果中，对照组没有差异微生物，这种情况有什么方法改善吗？比如调整检验方法之类的。
求解答，感激不尽！

Answer 1

"三组同时分析更全面，但分开比对便于发现直接差异。"

以上回复有部分引自免费微信小程序：皆我百晓生。 如问题尚未解决，还请稍待，如有疑问请回复进一步沟通。