R语言LEFSE分析图片结果不全

Question

R语言LEFSE分析，分析三个分组微生物差异
问题：

1、lefse分析
表格结果显示有97个显著性菌群，但画图只有87个菌被画进去。是什么参数设置的问题吗？

lefse <- trans_diff$new(
  dataset = dataset, # 用于执行差异丰度分析，其中包含了不同组间的比较
  method = "lefse", # 选择差异丰度分析的方法为 LEfSe（LDA Effect Size）
  group = "group", # 指定了用于分组的变量
  alpha = 0.05, # 是显著性水平，用于确定哪些差异是显著的
  lefse_subgroup = NULL, # 指定子组别的变量名,NULL表示在 LEfSe 中不使用子组别。
  taxa_level = "all", # 分析的分类水平
  )

2、lefse分析后，都会出现底下这个warnings，表示什么意思呢？需要怎么避免这个警告？
1: In lda.default(x, grouping, ...) : variables are collinear
2: In lda.default(x, grouping, ...) : variables are collinear
3: In lda.default(x, grouping, ...) : variables are collinear
4: In lda.default(x, grouping, ...) : variables are collinear
5: In lda.default(x, grouping, ...) : variables are collinear

恳请帮忙解答，感激不尽！

Answer 1

检查筛选标准或绘制图形时的参数设置。

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