用BiocManager进行R包更新

Question

程序包‘ '打开成功，MD5和检查也通过
警告: 无法删除软件包 ‘ ’ 的先前安装
警告: 回复了‘ ’

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

在R语言中，如果你遇到使用BiocManager更新生物信息学软件包时遇到问题，例如无法删除先前安装的软件包，可以尝试以下步骤来解决这个问题。

1. 首先，确保你已经安装了BiocManager。如果没有安装，可以运行以下命令：

install.packages("BiocManager")

1. 使用BiocManager更新所有已安装的生物信息学软件包，包括你想要更新的那个包。运行以下命令：

BiocManager::install()

1. 如果上述步骤仍然无法解决问题，可能是因为系统文件权限问题。尝试在R中使用管理员权限运行（这适用于Windows和macOS）：
   • Windows用户：右键点击R.exe或RStudio图标，选择“以管理员身份运行”。
   • macOS用户：在Terminal中，使用sudo命令运行R或RStudio，例如：

     sudo R
     

2. 在管理员模式下，再次尝试执行更新命令：

library(BiocManager)
updateAll()

1. 如果你仍然收到关于无法删除先前安装的错误，那么可能是有残留的配置文件或日志文件导致的。尝试手动删除这些文件。在Windows上，通常可以在C:/Users/用户名/Documents/R/win-library/版本号路径下找到相关文件夹。在macOS和Linux上，路径通常是~/Library/R/versions/版本号. 找到与你试图更新的软件包相关的文件夹并将其移除（注意备份重要数据）。然后重新运行updateAll()。

2. 删除后，重启R或RStudio，再试一次更新命令：

library(BiocManager)
updateAll()

按照以上步骤操作，应该能解决大部分更新生物信息学软件包的问题。如果还有其他问题，可能需要查看具体的错误消息，或者搜索更详细的错误解决方案。