guardhouse 2024-05-28 19:11 采纳率: 0%
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已结题

R运行没有名称为"species"的插槽对于此对象类"SDMmodelCV"

问在运行R SDMtune筛选模型的时候出现问题 适生性分析
错误于cbind(swd@species, swd@pa, swd@coords, swd@data): 没有名称为"species"的插槽对于此对象类 "SDMmodelCV"

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  • 专家-赤兔[在线] 全栈领域优质创作者 2024-05-28 19:11
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    引自免费微信小程序:皆我百晓生

    根据你提供的信息,看起来你在使用SDMtune包进行物种分布模型(SDM)的变量选择,并且遇到了一个关于species插槽的问题。SDMtune包中的SDMmodelCV对象可能并没有预设species这个插槽,这可能是由于数据处理过程中出现了问题,或者SDMtune包对特定版本的数据结构有不同的要求。

    要解决这个问题,我们需要确保SDMmodelCV对象包含了物种信息。首先,确认一下你的输入数据是否正确地包含了物种信息。如果你是从SDMtoolbox创建的模型开始,那么你需要确认原始的SDMtoolbox模型是否已经包含了物种信息。通常,物种信息是在读取环境变量和物种分布点数据时一起加载的。

    这里是一个例子,展示了如何使用SDMtoolbox来准备数据并构建模型,然后将这些模型传递给SDMtune进行变量选择。请确保你的数据集符合这些步骤:

    # 加载必要的库
    library(SDMtune)
    library(raster)
    library(ggplot2)
    
    # 假设你有一个名为"species_data.csv"的文件,其中包含物种分布点数据,列名分别为"longitude", "latitude", "species_id"
    species_df <- read.csv("species_data.csv")
    
    # 假设你有一个名为"environmental_layers.tif"的文件夹,里面包含多个环境变量的栅格数据
    env_layers <- list.files("environmental_layers.tif", full.names = TRUE)
    
    # 将环境变量加载到rasterStack中
    env_stack <- stack(env_layers)
    
    # 创建SDMtoolbox的物种分布对象
    species_distributions <- sdmCreateDistributions(species_df$longitude, species_df$latitude, species_df$species_id, env_stack)
    
    # 创建SDMtoolbox的预测区域对象
    study_area <- sdmCreateStudyArea(species_distributions, type = "boundingbox")
    
    # 使用随机森林作为模型,创建SDMtoolbox的模型对象
    models <- sdmFit(species_distributions, study_area, method = "rf")
    
    # 将SDMtoolbox的模型转换为SDMtune可以处理的对象
    cv_models <- lapply(models, function(model) {
      SDMmodelCV$new(model$model, model$data, model$background, model$study_area)
    })
    
    # 现在你可以使用SDMtune进行变量选择
    selected_variables_model <- varsel(cv_models[[1]], 
                                      metric="auc", 
                                      test=test, 
                                      bg4cor=bgtest, 
                                      method ="spearman", 
                                      cor_th=0.8, 
                                      permut=1)
    
    # 尝试再次保存模型
    swd2csv(selected_variables_model, file_name="selected_variables_model.csv")
    

    请检查你的具体数据和代码,确保它们与上述示例相似。如果问题仍然存在,可能需要查看SDMtune的文档或者联系开发者,确认他们是否支持你使用的SDMtoolbox模型类型或者数据格式。如果还有其他疑问,欢迎继续提问。

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