r语言无法打开链结。

Question

我已经设置了工作目录了，然后还在工作目录下找到并正常打开了该文件，一共四百多个文件大约分析了一半吧，到这个文件报错了

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

看起来你在尝试读取一个.tsv.gz压缩文件，并在R语言环境中遇到问题。根据错误信息，R无法找到指定的文件路径。尽管你已经设置了工作目录，但仍然出现了“无法打开文件”的错误。这可能是因为文件名中的特殊字符导致的路径解析问题。

为了解决这个问题，我们可以采取以下几个步骤：

1. 使用绝对路径而不是相对路径来确保文件位置正确无误。
2. 对于包含特殊字符（例如破折号 -）的文件名，我们需要将其正确地引用。

首先，确保你已经在正确的文件夹下运行R脚本。如果你已经在正确的文件夹下，那么可以尝试以下代码来读取文件：

# 更改这里为你实际的文件路径
file_path <- "D:/666/gdc_download_20240529_031158.303816/files/86f6b100-9d37-4a8a-b3c5-03ec17f83559.rna_seq.star_splice_junctions.tsv.gz"

# 使用gzcon函数解压并读取tsv文件
library(gzcon)
library(readr)

# 解压并读取tsv文件
file_content <- read_tsv(con = gzcon(file(file_path, open = "rb")))

# 如果你需要处理其他文件，可以将上述代码放入循环中
for (i in 2:nrow(id_filename)) {
    file_path <- paste0("D:/666/gdc_download_20240529_031158.303816/files/", id_filename[i, 1])
    file_content <- read_tsv(con = gzcon(file(file_path, open = "rb")))
    # 进行进一步的数据操作
}

这段代码首先使用gzcon函数从gzip压缩的文件中创建一个连接，然后使用read_tsv函数读取数据。这样可以同时处理压缩文件和带有特殊字符的文件名问题。

请检查提供的文件路径是否正确，并确保所有文件都位于同一目录中。如果文件分布在不同的子目录中，你需要提供完整的路径，或者在循环中递归地遍历子目录。

注意：这段代码假设你的所有文件都是.tsv.gz格式且需要解压缩后读取。如果你的文件不需要解压缩，只需去掉gzcon部分即可。