R语言挖掘TCGA数据库出错

Question

第一次敲的是sample_id <- sapply(json$associated_entities.function(x){x[,1]})
错误: 意外的'{'在"sample_id <- sapply(json$associated_entities.function(x){"里
第二次sample_id <- sapply(json$associated_entities$function, function(x){x[,1]})
错误: 意外的'function'在"sample_id <- sapply(json$associated_entities$function"里

Answer 1

以下内容由CHATGPT及阿里嘎多学长共同生成、有用望采纳：

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从您提供的错误信息来看，问题主要出在R代码的语法上，具体是在使用sapply函数和访问json对象时的语法错误。以下是针对您遇到的问题的一些建议和解决方案：

错误分析

1. 第一次尝试的代码错误:

   • sample_id <- sapply(json$associated_entities.function(x){x[,1]}
   • 错误原因：json$associated_entities.function(x)这部分语法不正确。在R中，访问对象的属性或方法时，不需要在属性名后加括号和参数。
   • 正确的语法应该是：json$associated_entities，如果associated_entities是一个列表或者向量，可以直接访问。

2. 第二次尝试的代码错误:

   • sample_id <- sapply(json$associated_entities$function, function(x){x[,1]}
   • 错误原因：这里看起来您试图访问associated_entities中的function属性，但是function是一个R语言的保留字，不能作为变量名或属性名。
   • 如果associated_entities是一个列表，您应该直接使用lapply或sapply来遍历列表中的元素。

解决方案

假设json对象是一个包含多个属性的列表，并且您想要提取associated_entities列表中的每个元素的第一个值，正确的代码应该是：

# 假设json对象已经正确加载，并且associated_entities是json对象的一个属性
sample_id <- sapply(json$associated_entities, function(x) x[1])

如果associated_entities是一个列表，其中包含了函数，您需要调用这些函数来获取数据，那么您的代码应该类似于：

# 假设associated_entities是一个包含函数的列表
sample_id <- sapply(json$associated_entities, function(f) f()[1])

这里f()调用了列表中的函数，并假设这些函数返回一个向量或矩阵，然后我们取第一个元素。

参考资料

• R语言官方文档：https://www.r-project.org/
• sapply函数帮助文档：在R中输入?sapply或help(sapply)查看帮助信息。
• jsonlite包文档：https://cran.r-project.org/web/packages/jsonlite/index.html

注意事项

• 确保json对象是从TCGA数据库正确解析得到的，并且其结构与您的代码预期相匹配。
• 检查json对象的结构，可以使用str(json)来查看。
• 如果您不熟悉R语言中的函数和对象操作，建议阅读一些基础教程来加深理解。

希望这些建议能帮助您解决问题。如果您需要进一步的帮助，请提供更多的上下文信息，例如json对象的结构，这样我可以提供更具体的指导。