Lefse可以生成LDA分值图，但做不了分支进化图，是什么问题

Question

Lefse分析使用R语言。只做出LDA分值图，做不出分支进化图，是不是代码有什么问题

Answer 1

以下内容由CHATGPT及阿里嘎多学长共同生成、有用望采纳：

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根据您提供的文件内容和描述，您在尝试生成Lefse分析中的分支进化图时遇到了问题。我将根据您提供的文件内容，分析可能的问题所在，并提供一些建议。

问题分析

1. 代码执行问题：

   • 您提供的代码片段中，有一些语法错误和可能的拼写错误。例如，在文件1中，clade_label_size 应该是 clade_label_size，而不是 clade_labelsize。
   • 另外，注释符号 # 后面紧跟的代码行应该以空格开始，否则该行代码将被当作注释处理。

2. 参数设置问题：

   • 在文件1中，use_taxa_num 被设置为 200，但错误消息提示“markers in group(s), S-CK S-Po4 s-csBc S-csBc-Po4, not found in the background tree! Please try enlarge parameter use_taxa_num from 200 to a larger one”，这意味着您可能需要增加 use_taxa_num 的值以找到更多的标记。

3. 数据问题：

   • 错误消息还提到“香换数据里有1行，但数据有0”，这可能意味着您的输入数据集可能存在问题，或者数据集的格式不是Lefse所期望的。

4. R包问题：

   • 您需要确保已经正确安装了 RcolorBrewer 包，并且在脚本中正确调用了它。

5. 数据文件格式：

   • 需要确认您的数据文件格式是否正确，并且是否包含了构建分支进化图所需的分类单元信息。

建议

1. 修正代码错误：

   • 检查并修正所有语法错误和拼写错误。

2. 调整参数：

   • 根据错误消息，尝试增加 use_taxa_num 的值。

3. 检查数据集：

   • 确保您的数据集格式正确，并且包含足够的分类单元信息。

4. 安装和调用R包：

   • 确保 RcolorBrewer 包已安装，并在脚本中正确调用。

5. 查看错误和警告：

   • 仔细查看R控制台中的错误和警告信息，它们可能会提供更多关于问题的线索。

6. 参考文档：

   • 参考Lefse的官方文档和R的官方文档，以确保您遵循了正确的步骤和最佳实践。

代码实现

由于我无法直接运行代码，我建议您根据上述建议逐一检查并修正问题。如果您需要具体的代码实现帮助，您可以提供完整的R脚本，我可以帮您进一步分析。

参考资料

• Lefse官方文档
• R语言官方文档

请注意，这些链接可能需要您自行访问以获取更多详细信息。希望这些建议能帮助您解决问题。如果您有进一步的问题或需要更详细的帮助，请随时告诉我。