experimenthub 服务器调用失败，用两种注释方法都错误

Question

之前清理了一下缓存，不知道是不是请理清到大动脉了，两个报错都差不多，VPN开着的，

Answer 1

晚上好🌙🌙🌙
本答案参考ChatGPT-3.5

根据您提供的错误信息，看起来您在使用MuraroPancreasData()和HumanPrimaryCellAtlasData()函数时遇到了问题，并且在尝试连接到ExperimentHub服务器时也遇到了类似的问题。这里有几个可能的解决方案：

1. 修复语法错误：

   • 在调用MuraroPancreasData()时，您可能漏掉了参数名。修正后的代码应该是这样：

     sceM <- MuraroPancreasData(ensDb = FALSE, location = TRUE)
     

2. 更新包和实验库：

   • 如果错误是由于版本不兼容或缺失依赖造成的，可以尝试先更新相关包：

     BiocManager::updateAll()
     

   • 对于ExperimentHub连接问题，确保localHub设置正确：

     library(scRNAseq, localHub = TRUE)  # 或者
     library(sCRNASeq, localHub = TRUE)
     

   • 如果仍然连接失败，可以尝试关闭本地库（但仅在离线模式下）：

     library(scRNAseq, localHub = FALSE)
     

3. 清理缓存：

   • 清除BiocManager缓存，然后重新安装可能需要的包：

     BiocManager::clearCache()
     BiocManager::install("scater", "celldex")
     

4. 检查网络连接：

   • 确保您的设备连接到互联网，并且没有阻止访问某些网站。

5. 查看帮助文档：

   • 当遇到错误时，参考https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Install_002dackages或相应包的文档，查找可能的解决方案。

6. 尝试其他注释方法：

   • 如果singleR注释失败，可以尝试其他注解工具，如Seurat或牛鼻子等。

如果以上步骤都不能解决问题，建议您分享完整的代码片段，以便更准确地定位问题。