R语言：select突然出现报错，选择的列名确定是正确的（附R版本及所安装的包）

Question

R语言：select突然出现报错，选择的列名确定是正确的（附R版本及所安装的包）：

R语言：select突然出现报错，选择的列名完全确定是正确的，并且存在的：
附：今天以前，select代码运行还是完全正常的~~不过，昨天的确安装了一些新包。

1、select运行及报错：（用反引号，再加双引号，都不能解决）

> # 加载所需的R包
> library(readr)
> library(dplyr)
> library(reshape)
> library(readxl)
> library(openxlsx)


> names(gcst_df)
 [1] "id.exposure" "id.outcome"  "outcome"     "exposure"    "method"      "nsnp"        "b"          
 [8] "se"          "pval"        "lo_ci"       "up_ci"       "or"          "or_lci95"    "or_uci95"   
[15] "p_fdr"      
> gcst_df <- select(gcst_df, or, or_lci95, or_uci95, pval)
错误于select(gcst_df, or, or_lci95, or_uci95, pval): 
  参数没有用(or, or_lci95, or_uci95, pval)

2、检查代码运行后，报错依然在select：

> # 确认列名是否存在
> check_columns <- c("or", "or_lci95", "or_uci95", "pval")
> if (!all(check_columns %in% names(gcst_df))) {
+   print(paste("以下列在数据框中不存在:", setdiff(check_columns, names(gcst_df))))
+ } else {
+   # 如果所有列都存在，那么进行选择操作
+   gcst_df <- gcst_df %>% select(or, or_lci95, or_uci95, pval)
+ }
错误于select(., or, or_lci95, or_uci95, pval): 
  参数没有用(or, or_lci95, or_uci95, pval)
> 
 3、R版本及所安装的包：

```r
sessionInfo()
R version 4.4.0 (2024-04-24 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64
Running under: Windows 11 x64 (build 22631)

Matrix products: default


locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8  LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8 LC_NUMERIC=C                               
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8    

time zone: Asia/Shanghai
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] forecast_8.22.0    epitools_0.5-10.1  broom_1.0.6        mgcv_1.9-1         nlme_3.1-164      
 [6] MASS_7.3-60.2      car_3.1-2          carData_3.0-5      ggrepel_0.9.5      RColorBrewer_1.1-3
[11] Epi_2.48           ggsci_3.1.0        data.table_1.15.4  magrittr_2.0.3     ggpubr_0.6.0      
[16] reshape2_1.4.4     mice_3.16.0        MendelR_9.2.34     lubridate_1.9.3    forcats_1.0.0     
[21] stringr_1.5.1      purrr_1.0.2        tidyr_1.3.1        tibble_3.2.1       ggplot2_3.5.1     
[26] tidyverse_2.0.0    fs_1.6.4           openxlsx_4.2.5.2   readxl_1.4.3       reshape_0.8.9     
[31] dplyr_1.1.4        readr_2.1.5       

loaded via a namespace (and not attached):
  [1] later_1.3.2             ggplotify_0.1.2         R.oo_1.26.0             cellranger_1.1.0       
  [5] xts_0.13.2              rpart_4.1.23            lifecycle_1.0.4         rstatix_0.7.2          
  [9] lattice_0.22-6          vroom_1.6.5             backports_1.4.1         metafor_4.6-0          
 [13] plotly_4.10.4           rmarkdown_2.27          remotes_2.5.0           fracdiff_1.5-3         
 [17] httpuv_1.6.15           zip_2.3.1               askpass_1.2.0           sessioninfo_1.2.2      
 [21] pkgbuild_1.4.4          cowplot_1.1.3           minqa_1.2.6             abind_1.4-5            
 [25] pkgload_1.3.4           quadprog_1.5-8          rvest_1.0.4             R.utils_2.12.3         
 [29] yulab.utils_0.1.4       nnet_7.3-19             gdtools_0.3.7           crul_1.4.2             
 [33] FastDownloader_1.0.0    codetools_0.2-20        xml2_1.3.6              FastAuthR_1.2.0        
 [37] tidyselect_1.2.1        shape_1.4.6.1           farver_2.1.2            httpcode_0.3.0         
 [41] urca_1.3-4              lme4_1.1-35.3           base64enc_0.1-3         mathjaxr_1.6-0         
 [45] jsonlite_1.8.8          mitml_0.4-5             ellipsis_0.3.2          survival_3.5-8         
 [49] iterators_1.0.14        systemfonts_1.1.0       foreach_1.5.2           tools_4.4.0            
 [53] progress_1.2.3          ragg_1.3.2              cmprsk_2.2-12           Rcpp_1.0.12            
 [57] glue_1.7.0              mnormt_2.1.1            pan_1.9                 xfun_0.44              
 [61] TTR_0.24.4              usethis_2.2.3           withr_3.0.0             numDeriv_2016.8-1.1    
 [65] fastmap_1.2.0           FastGWASR_1.5.0         boot_1.3-30             fansi_1.0.6            
 [69] openssl_2.2.0           digest_0.6.35           timechange_0.3.0        R6_2.5.1               
 [73] mime_0.12               gridGraphics_0.5-1      textshaping_0.3.7       colorspace_2.1-0       
 [77] R.methodsS3_1.8.2       utf8_1.2.4              generics_0.1.3          fontLiberation_0.1.0   
 [81] eoffice_0.2.2           prettyunits_1.2.0       httr_1.4.7              htmlwidgets_1.6.4      
 [85] pkgconfig_2.0.3         gtable_0.3.5            timeDate_4032.109       lmtest_0.9-40          
 [89] htmltools_0.5.8.1       fontBitstreamVera_0.1.1 profvis_0.3.8           tseries_0.10-56        
 [93] do_2.0.0.0              rvg_0.3.3               scales_1.3.0            knitr_1.46             
 [97] rstudioapi_0.16.0       tzdb_0.4.0              uuid_1.2-0              curl_5.2.1             
[101] nloptr_2.0.3            zoo_1.8-12              cachem_1.1.0            flextable_0.9.6        
[105] parallel_4.4.0          miniUI_0.1.1.1          metadat_1.2-0           pillar_1.9.0           
[109] grid_4.4.0              vctrs_0.6.5             mrhelp_4.0.0            urlchecker_1.0.1       
[113] promises_1.3.0          jomo_2.7-6              xtable_1.8-4            evaluate_0.23          
[117] meta_7.0-1              magick_2.8.3            etm_1.1.1               cli_3.6.2              
[121] compiler_4.4.0          rlang_1.1.3             crayon_1.5.2            R.devices_2.17.2       
[125] ggsignif_0.6.4          labeling_0.4.3          plyr_1.8.9              stringi_1.8.4          
[129] psych_2.4.3             viridisLite_0.4.2       munsell_0.5.1           lazyeval_0.2.2         
[133] devtools_2.4.5          CompQuadForm_1.4.3      glmnet_4.1-8            fontquiver_0.2.1       
[137] Matrix_1.7-0            hms_1.1.3               bit64_4.0.5             gfonts_0.2.0           
[141] devEMF_4.4-2            shiny_1.8.1.1           memoise_2.0.1           quantmod_0.4.26        
[145] bit_4.0.5               officer_0.6.6          
> 

4、昨天新安装的包如下：（昨天之前，运行select都是正常的）

if(!require(mice)) {install.packages("mice"); require(mice)}
if(!require(readxl)) {install.packages("readxl"); require(readxl)}
if(!require(dplyr)) {install.packages("dplyr"); require(dplyr)}
if(!require(ggplot2)) {install.packages("ggplot2"); require(ggplot2)}
if(!require(reshape2)) {install.packages("reshape2"); require(reshape2)}
if(!require(ggpubr)) {install.packages("ggpubr"); require(ggpubr)}
if(!require(magrittr)) {install.packages("magrittr"); require(magrittr)}
if(!require(data.table)) {install.packages("data.table"); require(data.table)}
if(!require(ggsci)) {install.packages("ggsci"); require(ggsci)}
if(!require(Epi)) {install.packages("Epi"); require(Epi)}
if(!require(RColorBrewer)) {install.packages("RColorBrewer"); require(RColorBrewer)}
if(!require(purrr)) {install.packages("purrr"); require(purrr)}
if(!require(tidyr)) {install.packages("tidyr"); require(tidyr)}
if(!require(ggrepel)) {install.packages("ggrepel"); require(ggrepel)}

if(!require(car)) {install.packages("car"); require(car)}
if(!require(MASS)) {install.packages("MASS"); require(MASS)}
if(!require(mgcv)) {install.packages("mgcv"); require(mgcv)}
if(!require(splines)) {install.packages("splines"); require(splines)}
if(!require(broom)) {install.packages("broom"); require(broom)}

if(!require(reshape)) {install.packages("reshape"); require(reshape)}
if(!require(tidyverse)) {install.packages("tidyverse"); require(tidyverse)}
if(!require(epitools)) {install.packages("epitools"); require(epitools)}
if(!require(nordpred)) {install.packages("nordpred"); require(nordpred)}
if(!require(INLA)) {install.packages("INLA"); require(INLA)}  ###有本地包
if(!require(BAPC)) {install.packages("BAPC"); require(BAPC)}  ###有本地包

if(!require(forecast)) {install.packages("forecast"); require(forecast)} 

install.packages('ggmap')
install.packages('rgdal')
install.packages('maps')
install.packages("gridExtra")
install.packages("viridis")

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

根据您提供的信息，看起来select()函数在您的代码中出现了问题。这可能是由于最近安装的某些包与dplyr包产生了冲突，导致了这个行为改变。为了解决这个问题，您可以尝试以下几个步骤：

1. 更新所有包：确保所有包都是最新版本，特别是dplyr。有时，旧版本的包可能与新版本的其他包不兼容。
2. 重新加载dplyr包：有时候简单地重新加载dplyr包可以解决此类问题。
3. 卸载并重新安装dplyr包：如果上述方法无效，尝试卸载并重新安装dplyr包，以确保没有遗留的问题。

以下是相应的操作代码：

# 更新所有包到最新版本
update.packages()

# 重新加载dplyr包
library(dplyr)

# 或者尝试卸载并重新安装dplyr包
remove.packages("dplyr")
install.packages("dplyr")

# 再次尝试运行您的代码
gcst_df <- select(gcst_df, or, or_lci95, or_uci95, pval)

如果以上步骤仍无法解决问题，可能需要进一步检查是否有特定的包干扰了dplyr::select()函数的正常工作。为了定位问题，您可以尝试逐个卸载昨天安装的包，然后逐步恢复它们，每次卸载一个包后测试select()是否能正常工作。这样可以帮助您找到可能导致问题的特定包。

另外，确保您使用的select()函数来自dplyr包，而不是其他包中的同名函数。可以通过在调用select()前加上包名称来明确指定：

library(dplyr)
gcst_df <- dplyr::select(gcst_df, or, or_lci95, or_uci95, pval)

如果问题仍然存在，请提供详细的错误消息和调试信息，以便更好地诊断问题。