R语言：读取指定文件名的csv文件，并汇总数据到一个excel表

Question

R语言：读取指定文件名的csv文件，并汇总数据到一个excel表：

1、当前目录下，多个文件夹（文件夹名称如：20240607170515_GCST90274765.csv_gen_samplesize_acute_pancreatitis_bzbt.tsv_for_coloc）
2、每个文件夹下，多个文件（含多个csv文件）
3、其中，每个文件下都有名为"coloc共定位结果.csv"的文件，内容如下：

4、目的：
（1）只读取文件名为"coloc共定位结果.csv"的文件
（2）提取“coloc共定位结果.csv”的文件、合并，生成如下格式的excel文件：

①exposure列的内容：为所提取的"coloc共定位结果.csv"所在的文件夹名称中："GCST90274765"。

如：文件夹名称为："20240607170515_GCST90274765.csv_gen_samplesize_acute_pancreatitis_bzbt.tsv_for_coloc"
   exposure列的内容为："GCST90274765"

②其它列的内容：从“coloc共定位结果.csv”中提取的 "nsnps"——"PP.H4.abf"右侧的行值（存入excel时有行列转置）
③生成的excel文件名：“共定位结果汇总”

Answer 1

以下内容由CHATGPT及阿里嘎多学长共同生成、有用望采纳：

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要完成这个任务，你可以使用R语言中的几个包，例如list.files来列出目录下的文件，read.csv来读取CSV文件，以及write.xlsx来写入Excel文件。以下是一个简单的R脚本示例，它应该可以帮助你完成这个任务：

library(openxlsx)

# 1. 遍历当前目录下的所有文件夹
folders <- list.dirs(full.names = FALSE)

# 2. 创建一个空的数据框来存储所有读取的数据
all_data <- data.frame()

# 3. 遍历每个文件夹，查找并读取"coloc共定位结果.csv"文件
for (folder in folders) {
  # 检查文件夹中是否存在目标文件
  target_file <- file.path(folder, "coloc共定位结果.csv")
  if (file.exists(target_file)) {
    # 读取CSV文件
    coloc_data <- read.csv(target_file, header = TRUE)
    
    # 提取需要的数据列
    required_columns <- c("nsnps", "PP.HO.abf", "PP.H1.abf", "PP.H2.abf", "PP.H3.abf", "PP.H4.abf")
    extracted_data <- coloc_data[required_columns]
    
    # 4. 将"exposure"列设置为文件夹名称中的特定字符串
    # 提取"GCST90274765"字符串
    exposure <- unlist(strsplit(basename(folder), "_"))[1]
    
    # 将提取的数据和exposure列合并
    extracted_data$exposure <- exposure
    
    # 将合并后的数据添加到所有数据的列表中
    all_data <- rbind(all_data, extracted_data)
  }
}

# 5. 转置数据，因为需要将行变成列
transposed_data <- t(all_data[, -1])  # 排除exposure列

# 6. 将转置后的数据保存为Excel文件
write.xlsx(transposed_data, "共定位结果汇总.xlsx", row.names = FALSE)

这段代码首先使用list.dirs函数列出当前目录下的所有文件夹，然后遍历这些文件夹，检查是否存在名为"coloc共定位结果.csv"的文件。如果存在，它将读取文件，提取所需的列，并设置"exposure"列。最后，它将所有数据合并，转置，然后保存为一个Excel文件。

请注意，这段代码假设每个文件夹的名称都包含"GCST90274765"字符串，并且这个字符串是文件夹名称的第一个部分。如果文件夹的命名规则有所不同，你可能需要调整字符串提取的逻辑。

至于参考资料，你可以查看以下链接来了解更多关于R语言中处理文件和Excel文件的包和函数：

• openxlsx包的文档：https://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/openxlsx.pdf
• list.files函数的文档：https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/list.files
• read.csv函数的文档：https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/read.table（注意：read.csv是read.table的一个特殊版本，用于读取CSV文件）

希望这能帮助你完成任务！如果你有任何问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。