SCENIC分析报错求解答

Question

想请教一下，我用的是hg38的文件，但是它提示我hg19的文件没有找到。如果我换成hg19的，那代码是可以运行的，请问要怎么解决这个报错呀？我的测序数据是hg38的。

Answer 1

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根据您提供的报错信息，我理解您在使用 SCENIC 分析工具时遇到了问题。您使用的是基于 hg38 基因组构建的参考文件，但 SCENIC 提示找不到 hg19 的文件。

问题分析：

SCENIC 在运行过程中需要使用到与您的参考基因组版本一致的多个数据库文件。这些文件通常包含基因注释、转录因子结合位点等信息。虽然您的输入数据是基于 hg38 的，但 SCENIC 的配置文件或数据库路径可能仍然指向 hg19 版本的文件，导致报错。

解决方案：

1. 检查并修改 SCENIC 配置文件：

   • 找到 SCENIC 的配置文件（通常是一个 Python 脚本或配置文件）。
   • 搜索并确认所有与参考基因组版本相关的设置都指向 hg38 版本的文件路径。这可能包括：
     • 基因组注释文件（例如 GTF 或 GFF3 文件）
     • 转录因子结合位点数据库（例如 JASPAR 或 Cis-BP）
     • 其他 SCENIC 使用的数据库或索引文件

2. 下载或构建 hg38 版本的数据库文件：

   • 如果您找不到预先构建好的 hg38 版本数据库文件，您可能需要手动下载或使用 SCENIC 提供的工具进行构建。
   • 请参考 SCENIC 的官方文档或 GitHub 仓库，查找有关如何下载或构建特定数据库文件的信息。

3. 确认 R 包版本：

   • 确保您使用的所有 R 包，特别是与基因组分析相关的包（例如 biomaRt、GenomicRanges 等），都是最新版本。
   • 旧版本的 R 包可能不支持 hg38 基因组版本。

4. 提供完整的代码和报错信息：

   • 为了更准确地帮助您解决问题，请提供完整的代码片段以及完整的报错信息。
   • 这将有助于我更好地理解您的代码逻辑和问题所在。

示例代码片段 (仅供参考，需要根据您的实际情况修改)：

# 设置 R 包库路径
.libPaths(c("/path/to/your/R/library", .libPaths()))

# 加载必要的 R 包
library(SCENIC)
library(RcisTarget)

# 设置工作目录
setwd("/path/to/your/working/directory")

# 设置物种和参考基因组版本
org <- "hgnc"
dbDir <- "/path/to/your/SCENIC/databases/hg38" # 修改为您的 hg38 数据库路径

# 初始化 SCENIC
scenicOptions <- initializeScenic(org=org, dbDir=dbDir, nCores=1)

# ... 后续代码 ...

请注意，以上代码仅供参考，您需要根据您的实际情况修改代码中的文件路径、参数设置等。

希望以上信息能帮助您解决问题！ 如果您还有其他问题，请随时提出。