SCENIC分析报错求解答

Question

想请教一下，我用的是hg38的文件，但是它提示我hg19的文件没有找到。如果我换成hg19的，那代码是可以运行的，请问要怎么解决这个报错呀？我的测序数据是hg38的。

Answer 1

以下内容由CHATGPT及阿里嘎多学长共同生成、有用望采纳：

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您好！看起来您在使用SCENIC包进行基因组分析时遇到了一些文件依赖性的问题。SCENIC是一个用于细胞类型特定基因调控网络推断和分析的R包。根据您提供的错误信息，问题在于SCENIC在初始化时需要hg19的某些文件，但是您使用的是hg38的参考文件。

这个问题可能是因为SCENIC在初始化时期望找到hg19的数据库文件，但是实际上您需要的是hg38的数据库。解决这个问题的方法可能包括：

1. 确保数据库文件正确下载和放置：首先，确保您已经下载了hg38版本的数据库文件，并且它们位于正确的文件夹路径中。

2. 检查文件名是否正确：在您的代码中，确保文件名和路径与实际下载的文件完全匹配。注意大小写和下划线的使用。

3. 更新SCENIC包：有时候，软件包的更新会修复此类依赖性问题。确保您使用的是最新版本的SCENIC包。

4. 修改代码以适应hg38：如果SCENIC包确实需要hg19的文件，您可能需要找到hg38对应的文件，或者尝试修改代码以适应hg38的文件。

5. 联系开发者或社区：如果上述方法都不可行，您可能需要联系SCENIC的开发者或在相关社区寻求帮助。

下面是一段示例代码，您可以根据需要进行调整：

library(SCENIC)

# 设置数据库路径
db <- 'hg38/hg38'
db <- path.expand(db)

# 检查数据库文件夹中的文件
list.files(db)

# 加载必要的数据库文件
data(list = "motifAnnotations_hgnc_v9", package = "RcisTarget")
motifAnnotations_hgnc <- motifAnnotations_hgnc_v9

# 确保cisTarget_databases文件夹下有下载好的文件
# 这里假设您已经有了hg38对应的文件
scenicoptions <- initializeScenic(org = "hgnc", dbDir = db, nCores = 1)

如果问题仍然存在，建议您检查SCENIC的官方文档或GitHub页面，看看是否有其他用户遇到类似问题，或者是否有更新的解决方案。同时，您也可以在CSDN或其他技术社区发帖寻求帮助。希望这些信息对您有所帮助！