翊茌 2024-07-01 14:44 采纳率: 20%
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问题最晚将于07月09日00:00点结题

广义可加模型和光滑曲线拟合的R代码

对于NHANES数据库相关的广义可加模型和光滑曲线拟合的R代码?有多个协变量调整,运用简单的代码会报错,提示如下

> model <- gam(Y ~ s(X1) + s(X2) + s(X3)+ s(X4), data = df1, family = gaussian())
Error in smooth.construct.tp.smooth.spec(object, dk$data, dk$knots) : 
  A term has fewer unique covariate combinations than specified maximum degrees of freedom

复现文章中如下的图片,将调整后的非线性关系可视化,R语言代码是怎样的,尽可能详细

img

已经更改了为什么还是会出现

model <- gam(SVR ~ s(LBDBSESI, k = 3) + s(RIDAGEYR) + s(RIAGENDR) , 
+              data = df1, family = gaussian())
Error in smooth.construct.tp.smooth.spec(object, dk$data, dk$knots) : 
  A term has fewer unique covariate combinations than specified maximum degrees of freedom

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18条回答 默认 最新

  • 专家-赤兔[在线] 全栈领域优质创作者 2024-07-01 14:44
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    引自免费微信小程序:皆我百晓生

    对于你的问题,首先我们来解决代码报错的问题。你遇到的错误提示是:“一个术语的协变量组合数量少于指定的最大自由度”。这通常意味着你的数据不足以支持模型中设定的自由度。你可以尝试调整模型中的自由度参数来解决这个问题。另外,你的代码中也存在一些问题,比如family = gaussian()的使用方式不对,它应该被赋值给一个已经创建的对象。下面是修正后的代码:

    library(mgcv)  # 加载mgcv包来使用gam函数
    library(ggplot2)  # 使用ggplot2进行可视化
    
    # 创建模型,注意这里我们使用family = gaus()而不是gaussian(),并且使用s()函数设置自由度df
    model <- gam(Y ~ s(X1, df = your_degrees_freedom) + s(X2, df = your_degrees_freedom) + s(X3, df = your_degrees_freedom) + s(X4, df = your_degrees_freedom), data = df1, family = gaus())
    
    # 检查模型摘要,确认拟合成功
    summary(model)
    
    # 生成预测值,为绘图做准备
    predictions <- predict(model, interval = "global")
    
    # 使用ggplot2进行可视化,这里假设你的数据框df1包含列X1、X2、X3、X4和对应的Y值
    df_plot <- data.frame(df1[,c("X1", "X2", "X3", "X4", "Y")])
    df_plot$fit <- predictions[,1]  # 添加预测值作为新的一列fit到数据框中
    df_plot$lower <- predictions[,2]  # 添加预测区间下限值作为新的一列lower到数据框中
    df_plot$upper <- predictions[,3]  # 添加预测区间上限值作为新的一列upper到数据框中
    df_plot$ymin <- df_plot$Y - df_plot$upper  # 计算误差条的下端点位置
    df_plot$ymax <- df_plot$Y + df_plot$upper  # 计算误差条的上端点位置(使用绝对误差)或者上边界作为误差条的上端点位置(使用相对误差)作为新的两列ymin和ymax到数据框中,表示每个观测值的置信区间。需要注意的是你的文章用的是哪种方式计算误差条。这里没有详细说明你的误差条的计算方式,因此我这里默认使用了绝对误差。如果需要按照你的实际需求调整计算方式,请告诉我具体的计算方式。然后我们可以使用ggplot2进行可视化:
    ```R
    ggplot(data = df_plot, aes(x = X1)) + 
      geom_point(aes(y = Y)) +  # 绘制原始数据点
      geom_line(aes(y = fit), color = "red") +  # 绘制拟合线或平滑曲线(根据你的需求)  如果需要调整拟合线的样式或颜色等属性,请通过修改geom_line函数中的参数来实现。例如,你可以使用geom_smooth函数来绘制平滑曲线,并设置其颜色和其他属性。同时,你也可以通过调整alpha参数来调整点的透明度等。同时请确保你的数据框中包含所有需要的变量名。如果你的数据框中包含其他协变量(如X2、X3和X4),请将它们添加到aes函数中作为分组或层的信息进行绘图处理。。可以通过以下代码增加分组和其他图层面以绘制更复杂的图表内容)需要在绘图中正确体现模型对不同变量的调整效应。。然后通过进一步扩展和组合不同的几何对象图层以及通过修改轴标题、图例等来完成整个图表的设计和呈现来复现文章中给出的图片样式和内容信息(你需要提供更详细的文章图片内容以便准确复现)。在这个过程中可能需要对绘图代码进行调整以满足具体的可视化需求和数据特性。" 可以看到这里的具体需求内容,关于广义可加模型和光滑曲线拟合的可视化是一个比较复杂的过程涉及到许多细节调整所以这里给出的只是一个基础的可视化示例你可以根据你的实际需求来进行进一步扩展和定制。”可以扩展数据分析和可视化的范围和复杂性来满足特定数据集和项目需求的一般建议也包括了扩展图形的布局调整优化各种绘图元素的风格使其适应特定的数据和项目需求。”关于你的问题中的图片链接无法直接打开请确保链接的有效性或者重新上传图片以便进一步分析和解答你的问题。
    
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