过滤转录本序列，过滤转录本序列

Question

过滤转录本序列
/home/test2/miniconda3/envs/PASA/opt/pasa-2.5.3/bin/seqclean Trinity.fasta -v /home/data/users/test2/12A/UniVec
这两行代码每个部分分别具体是什么意思

Answer 1

上午好☀️☀️☀️️
本答案参考ChatGPT-3.5

这段代码中，seqclean和trimmomatic-trim是用于转录本序列的删除命令，Trinity.trimmed.txt是原始转录本的文件，filter_trimmomatic

以下是这段代码的解释：

1. seqclean 是一个 -v 参数，在这里代表：

• -v 为 "-v"，输出版本信息，提供了更多的详细信息。其中，-v 参数是一种用于显示序列清理和序列检查的选项。

SeqClean：使用 trimmomatic 库中的 Trimmomatic 算法来检测序列中可能存在的序列变异，并通过边框缩小和端点删除的方法来消除不必要的重复特征。

2. `Trinity.trimmed.txt` 是预处理过的基因组配对数据。

3. 检查 `Trinity.trimmed.txt` 文件以确保生成的 `PASA` 序列没有引入未被转录本正确删除或丢失的区域，可能有质量控制问题。
4. `sequence_file_name.txt` 是生成正确的候选文件名。