geom_signif函数使用异常

Question

geom_signif函数使用异常，求解答
数据内容如下：

原始代码如下：

错误如下：

Answer 1

以下内容由CHATGPT及阿里嘎多学长共同生成、有用望采纳：

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根据您提供的信息，我将尝试帮助您解决在使用R语言的geom_signif函数时遇到的问题。首先，让我们根据您提供的错误信息和数据内容来分析问题。

1. 理解错误信息

错误信息指出：Computation failed in 'stat_signif'，原因是在t.test.default函数中出现了问题，具体是not enough 'y' observations。这意味着在进行t检验时，没有足够的观测值。

2. 检查数据格式

根据您提供的第二个图像文件内容，数据集包含两列：TTC32和type，其中type列包含两个类别：control和treatment。数据看起来是符合要求的，但是我们需要确保每个组别至少有两个观测值，因为t检验至少需要两个样本。

3. 审查原始代码

原始代码中存在一些问题：

• geom_violin()后缺少括号闭合。
• geom_signif的参数设置可能不正确，特别是comparisons和map_signif_level的设置。
• geom_jitter的参数position=position_jitter(0.2)中的0.2应该是一个数值，表示抖动的宽度。

4. 查找解决方案

• 确保每个组别至少有两个观测值。
• 检查geom_signif的参数设置是否正确，特别是comparisons参数是否正确指定了要比较的组别。
• 修正代码中的语法错误。

5. 测试和验证

在修正代码后，您应该重新运行代码，并检查是否还有错误。如果问题仍然存在，您可能需要进一步调试或寻求社区的帮助。

修正后的代码示例

library(ggplot2)
library(ggpubr)

# 假设您的数据框为df
colnames(df) <- c("GSM", "TTC32", "type")

# 修正后的ggplot代码
ggplot(df, aes(x = type, y = TTC32)) +
  geom_violin() +
  geom_signif(comparisons = list(c("control", "treatment")), 
              step_increase = 0.1, 
              map_signif_level = c("***" = 0.001, "**" = 0.01, "*" = 0.05), 
              test = t.test, size = 2, textsize = 6) +
  geom_jitter(shape = 16, position = position_jitter(0.2))

请注意，我假设您的数据框名为df，并且已经包含了正确的列名。您需要根据实际情况调整代码。希望这些信息能帮助您解决问题。如果您需要进一步的帮助，请提供更多的信息。