使用GDCquery函数时报错

Question

query_exp <- GDCquery(project = "TCGA-STAD",

•                   data.category = "transcriptome profiling",
  

•                   data.type = "Gene Expression Quantification",
  

•                   workflow.type = "STAR-Counts")
  

---

o GDCquery: Searching in GDC database

Genome of reference: hg38

file_count	case_count	data_category
7130	443	Simple Nucleotide Variation
4228	443	Sequencing Reads
2537	443	Biospecimen
906	443	Clinical
4940	443	Copy Number Variation
1878	439	Transcriptome Profiling
1410	443	DNA Methylation
357	357	Proteome Profiling
32	16	Somatic Structural Variation
1792	415	Structural Variation
错误于checkDataCategoriesInput(project, data.category):
Please set a valid data.category argument from the column data_category above. We could not validade the data.category for project TCGA-STAD

Answer 1

🕒下午好，题主！目前：🟢[在线]
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📣今日诗号：七弦抚尽，何处觅知音，但向朗月空林。翰墨残迹，谁得千秋理，且听松涛竹意。

报错信息表明，你在使用 GDCquery 函数时，提供的 data.category 参数 "transcriptome profiling" 在项目 "TCGA-STAD" 中无效。 解决方案是使用 GDCquery_available() 函数查看该项目可用的 data.category 值，并选择正确的类别。

以下是完整的代码：

# 加载 GDCquery 包
library(TCGAbiolinks)

# 查询可用的 data.category
available_categories <- GDCquery_available(project = "TCGA-STAD", 
                                           data.category = TRUE)

# 打印可用的 data.category
print(available_categories$data.category)

# 从输出中选择正确的 data.category，例如 "Transcriptome Profiling"
correct_category <- "Transcriptome Profiling"

# 使用正确的 data.category 重新运行 GDCquery
query_exp <- GDCquery(project = "TCGA-STAD",
                   data.category = correct_category,
                   data.type = "Gene Expression Quantification",
                   workflow.type = "STAR-Counts") 

# 继续执行后续代码...

代码解释:

1. GDCquery_available(project = "TCGA-STAD", data.category = TRUE):
   • project = "TCGA-STAD" 指定要查询的项目。
   • data.category = TRUE 表示要获取可用的 data.category 值。
2. print(available_categories$data.category): 打印所有可用的 data.category 值。
3. correct_category <- "Transcriptome Profiling": 根据打印结果选择正确的 data.category 值，并将其赋值给 correct_category 变量。
4. GDCquery(...): 使用 correct_category 变量中的正确值重新运行 GDCquery 函数。

通过以上步骤，你就可以解决 data.category 参数错误的问题，并成功使用 GDCquery 函数查询数据。