不能成功安装R语言pathview包

Question

安装代码为
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("pathview")
报错为
getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see
'help("repositories", package = "BiocManager")' for details.
Replacement repositories:
CRAN: https://cran.rstudio.com/
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/src/contrib中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/src/contrib/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/data/experiment/src/contrib中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/data/experiment/src/contrib/PACKAGES'
Bioconductor version 3.18 (BiocManager 1.30.22), R 4.3.2 (2023-10-31 ucrt)
Installing package(s) 'pathview'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/src/contrib中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/src/contrib/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/data/experiment/src/contrib中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/data/experiment/src/contrib/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/bin/windows/contrib/4.3中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/data/annotation/bin/windows/contrib/4.3中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/data/annotation/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/data/experiment/bin/windows/contrib/4.3中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/data/experiment/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/workflows/bin/windows/contrib/4.3中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/workflows/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/books/bin/windows/contrib/4.3中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/books/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/src/contrib中读写索引:
无法打开URL'https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/src/contrib/PACKAGE

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

遇到这个问题，主要是因为你的R环境在尝试从Bioconductor下载pathview包时遇到了网络连接问题，导致无法访问所需的URL。这可能是由于网络限制、防火墙设置或是Bioconductor服务器临时不可达造成的。下面是一些解决步骤，请逐一尝试：

1. 检查网络连接

确保你的计算机可以正常访问互联网，并且没有被组织或学校的网络策略限制访问外部资源。

2. 更换CRAN镜像

有时默认的CRAN镜像可能不稳定或响应慢，你可以更换一个离你地理位置近且稳定的镜像。在安装BiocManager之前，可以先设置CRAN镜像，例如使用中国的镜像：

options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

然后尝试重新安装BiocManager和pathview。

3. 清理旧的包索引

有时候旧的包索引会干扰新包的安装，可以尝试清除旧的包索引文件后重试：

remove.packages("BiocManager")
Sys.sleep(2) # 短暂等待
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.18")
BiocManager::install("pathview")

4. 手动下载并安装

如果上述方法都无效，你还可以尝试手动从Bioconductor的网站上下载pathview的源文件（tar.gz格式），然后在R中本地安装。首先访问Bioconductor的pathview页面，找到对应的版本下载链接。然后在R中使用如下命令安装：

# 假设你已将pathview_1.30.9.tar.gz下载到了"D:/Downloads"目录
install.packages("D:/Downloads/pathview_1.30.9.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

5. 防火墙和代理设置

如果你的网络环境需要通过代理服务器访问外网，请确保R正确配置了代理。可以通过如下命令设置HTTP和HTTPS代理（替换your.proxy.server和端口号）：

Sys.setenv(http_proxy = "http://your.proxy.server:port")
Sys.setenv(https_proxy = "http://your.proxy.server:port")

6. 更新R和RStudio

确保你的R和RStudio是最新版本，有时软件的旧版本可能不兼容最新的包。

如果以上所有步骤都无法解决问题，可能需要检查更具体的系统日志或联系网络管理员确认是否存在更深层次的网络配置问题。希望这些建议能帮助到你！