ieu暴露提取报错怎么解决

Question

a<-extract_instruments(outcomes = "ebi-a-GCST90001407",p1 = 5e-06,clump = TRUE,r2 = 0.001,kb = 10000)
警告信息:
Unknown or uninitialised column: trait.
应该如何解决？提取的暴露有问题吗

Answer 1

下午好🌅🌅🌅
本答案参考ChatGPT-3.5

对于这个警告信息，"Unknown or uninitialised column: trait"，在R中通常表示未知或未初始化的变量。

首先，我们需要检查我们的数据。这个列trait看起来像是一个特征名，可能是从原始观测数据中抽取的。如果我们在使用这个列之前没有正确地加载它，那么就会出现这个错误。如果你的代码是这样的：

outcomes <- extract_instruments(outcomes = "ebi-a-GCST90001407", p1 = 5e-06, clump = TRUE, r2 = 0.001, kb = 10000)

那么我们需要检查trait是否已经被正确地加载了。我们可以通过查看数据框或者运行代码来确认这一点。假设问题在于代码前的条件判断语句中，假设已经正确地加载了trait，我们只需要将其添加到结果中即可：

outcomes <- extract_instruments(outcomes = "ebi-a-GCST90001407", p1 = 5e-06, clump = TRUE, r2 = 0.001,kb = 10000, trait = trait)

如果这个问题仍然存在，你可以尝试删除这些多余的条件判断，或者更正你的代码，确保你正确地加载了这个变量。例如：

outcomes <- extract_instruments(outcomes = "ebi-a-GCST90001407", p1 = 5e-06, clump = TRUE, r2 = 0.001,kb = 10000, trait = trait)

这是一个简单的例子，具体的解决方案可能会因为你的具体问题而有所不同。