DoubletDecon教程

Question

使用DoubletDecon的Main_Doublet_Decon时报错

运行代码

library("DoubletDecon")
location="F:/....../" 
expressionFile=paste0(location, "cntl_counts.txt")
genesFile=paste0(location, "cntl_Top50Genes.txt")
clustersFile=paste0(location, "cntl_Cluster.txt")

newFiles=Seurat_Pre_Process(expressionFile, genesFile, clustersFile)

results=Main_Doublet_Decon(rawDataFile=newFiles$newExpressionFile,
                           groupsFile=newFiles$newGroupsFile,
                           filename="cntl", 
                           location=location,
                           fullDataFile=NULL, 
                           removeCC=FALSE, 
                           species="mmu", 
                           rhop=1.1, 
                           write=TRUE, 
                           PMF=TRUE, 
                           useFull=FALSE, 
                           heatmap=FALSE,
                           centroids=TRUE,
                           num_doubs=100, 
                           only50=TRUE,
                           min_uniq=4)

报错信息

WARNING: if using ICGS2 file input, please import 'rawDataFile' and 'groupsFile' as path/location instead of an R object.
错误于if (class(groupsFile) == "character") {: 
  the condition has length > 1

初步思路

思考是否是因为groupsFile的格式不对，故查看格式

> head(newFiles$newGroupsFile)
                       [,1] [,2]
AAACCTGAGGCCCTCA.1cntl    1    1
AAACCTGAGTTTGCGT.1cntl    1    1
AAACCTGTCGTAGGTT.1cntl    1    1
AAACGGGCAGCTCGCA.1cntl    1    1
AAACGGGTCGCTGATA.1cntl    1    1
AAAGATGAGACCGGAT.1cntl    1    1

不知道为什么会多“.1cntl”这个后缀，再查看剩余两个File，发现是一致的

> newFiles$newExpressionFile[1:4,1:4]
                     row_clusters-flat AAACCTGAGGCCCTCA.1cntl
column_clusters-flat                NA                      1
Slc6a11                              1                      1
Slc4a4                               1                      5
Sparcl1                              1                      0
                     AAACCTGAGTTTGCGT.1cntl AAACCTGTCGTAGGTT.1cntl
column_clusters-flat                      1                      1
Slc6a11                                   2                      3
Slc4a4                                    0                      2
Sparcl1                                   1                      3

> newFiles$newFullExpressionFile[1:4,1:4]
                     row_clusters-flat AAACCTGAGGCCCTCA.1cntl
column_clusters-flat                NA                      1
Xkr4                                NA                      0
Sox17                               NA                      0
Mrpl15                              NA                      0
                     AAACCTGAGTTTGCGT.1cntl AAACCTGTCGTAGGTT.1cntl
column_clusters-flat                      1                      1
Xkr4                                      0                      0
Sox17                                     0                      0
Mrpl15                                    0                      0

难道需要把“.cntl”这个后缀删掉吗？还是因为其它原因所以报错？
此外还用另一个方式创建newFiles，结果还是一样的后缀以及报错结果。

> newFiles=Improved_Seurat_Pre_Process(cntl, num_genes=50, write_files=FALSE)

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

根据你提供的信息，问题可能出在groupsFile的格式上。在你的代码中，groupsFile被用作一个文件名，但在DoubletDecon函数中，它应该是一个包含分组信息的数据框。你可以尝试将groupsFile转换为数据框，然后再运行DoubletDecon函数。

首先，你需要读取groupsFile的内容，并将其转换为数据框。你可以使用以下代码：

groups <- read.table(newFiles$newGroupsFile, header = TRUE)

然后，你可以检查groups数据框的结构，确保它包含正确的分组信息。如果需要，你可以对数据框进行预处理，以便将其传递给DoubletDecon函数。

最后，将处理后的groups数据框传递给DoubletDecon函数：

results=Main_Doublet_Decon(rawDataFile=newFiles$newExpressionFile,
                           groupsFile=groups,
                           ...)

这样，你应该可以避免报错，并正确地运行DoubletDecon函数。