DoubletFinder教程

Question

使用DoubletFinder的summarizeSweep时报错

运行代码

Hb <- readRDS(file = "F:/....../Hb.rds") #已进行NormalizeData、FindVariableGenes、ScaleData、RunPCA和RunTSNE等）
sweep.res.list <- paramSweep(Hb, PCs = 1:30, sct = T)
sweep.stats <- summarizeSweep(sweep.res.list, GT = FALSE)

报错信息

错误于getGlobalsAndPackages(expr, envir = envir, globals = globals): 
  The total size of the 19 globals exported for future expression (‘FUN()’) is 518.36 MiB.. This exceeds the maximum allowed size of 500.00 MiB (option 'future.globals.maxSize'). The three largest globals are ‘FUN’ (498.79 MiB of class ‘function’), ‘umi_bin’ (19.21 MiB of class ‘numeric’) and ‘data_step1’ (285.73 KiB of class ‘list’)
此外: 警告多于50个(用warnings()来显示第一个到第50个)

暂时没有解决思路

Answer 1

解决方法

全局变量大于默认限制，可将其设置为1GB，将增加RAM使用量。
运行以下代码

options(future.globals.maxSize=1000 * 1024^2)