trinity组装转录组报错

Question

trinity组装转录组报错显示以下内容，具体应该怎么解决：

Saturday, August 24, 2024: 19:21:13    CMD: /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insilico_read_normalization.pl --seqType fq --JM 50G  --max_cov 200 --min_cov 1 --CPU 16 --output /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/trinity_out_dir/insilico_read_normalization --max_CV 10000  --left /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/output_paired1_fastqc.zip --right /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/output_paired2_fastqc.zip --pairs_together  --PARALLEL_STATS  
-prepping seqs
Converting input files. (both directions in parallel);CMD: seqtk-trinity seq -A -R 1  /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/output_paired1_fastqc.zip >> left.fa
CMD: seqtk-trinity seq -A -R 2  /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/output_paired2_fastqc.zip >> right.fa
Error encountered just after sequence entry[1]: ,����b, quals and seq lines dont match in length:

... corrupt file?Thread 1 terminated abnormally: Error, cmd: seqtk-trinity seq -A -R 1  /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/output_paired1_fastqc.zip >> left.fa died with ret 768 at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insilico_read_normalization.pl line 807.
Error encountered just after sequence entry[3]: �%, quals and seq lines dont match in length:

... corrupt file?Thread 2 terminated abnormally: Error, cmd: seqtk-trinity seq -A -R 2  /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/output_paired2_fastqc.zip >> right.fa died with ret 768 at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insilico_read_normalization.pl line 807.
Error, conversion thread failed at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insilico_read_normalization.pl line 338.
Error, cmd: /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insilico_read_normalization.pl --seqType fq --JM 50G  --max_cov 200 --min_cov 1 --CPU 16 --output /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/trinity_out_dir/insilico_read_normalization --max_CV 10000  --left /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/output_paired1_fastqc.zip --right /media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/output_paired2_fastqc.zip --pairs_together  --PARALLEL_STATS   died with ret 7424 at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/Trinity line 2919.
    main::process_cmd("/home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insi"...) called at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/Trinity line 3472
    main::normalize("/media/tx/18220061235/ZLZ/SRR/SRR22904651/fastqc_out_dir/trin"..., 200, ARRAY(0x5fbb078877f0), ARRAY(0x5fbb07887820)) called at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/Trinity line 3412
    main::run_normalization(200, ARRAY(0x5fbb078877f0), ARRAY(0x5fbb07887820)) called at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/Trinity line 1450

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

这个问题可能是由于FASTQ文件中的序列和质量值长度不匹配导致的。你可以尝试以下方法来解决这个问题：

1. 检查FASTQ文件是否损坏。你可以使用fastqc工具来检查文件的质量。例如：

fastqc output_paired1_fastqc.zip
fastqc output_paired2_fastqc.zip

1. 如果FASTQ文件没有问题，你可以尝试重新下载或生成新的FASTQ文件。

2. 确保你的Trinity安装正确，并且所有的依赖项都已正确安装。

3. 在运行Trinity之前，确保你的输入文件路径是正确的。检查文件是否存在于指定的路径中。

4. 如果问题仍然存在，你可以尝试使用其他组装软件，如SPAdes或Velvet，看看是否能够成功组装转录组。