Trinity转录组组装报错

Question

Trinity转录组组装报错如下应该怎么解决：

CMD: jellyfish count -t 10 -m 25 -s 6819228928  --canonical  single.fa
Error, cmd: jellyfish count -t 10 -m 25 -s 6819228928  --canonical  single.fa died with ret 9 at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insilico_read_normalization.pl line 807.
Error, cmd: /home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insilico_read_normalization.pl --seqType fq --JM 50G  --max_cov 200 --min_cov 1 --CPU 10 --output /media/tx/TX/A/ZLZ/SRR/SRR22904653/trinity_out_dir/insilico_read_normalization --max_CV 10000  --single /media/tx/TX/A/ZLZ/SRR/SRR22904653/output.fq died with ret 512 at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/bin/Trinity line 2919.
    main::process_cmd("/home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insi"...) called at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/bin/Trinity line 3472
    main::normalize("/media/tx/TX/A/ZLZ/SRR/SRR22904653/trinity_out_dir/insilico_r"..., 200, ARRAY(0x60d27ff4a240)) called at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/bin/Trinity line 3412
    main::run_normalization(200, ARRAY(0x60d27ff4a240)) called at /home/tx/miniconda3/envs/trinity/bin/Trinity line 1455

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

根据您提供的错误信息，问题可能出在以下几个方面：

1. Jellyfish计数失败：错误信息显示jellyfish count -t 10 -m 25 -s 6819228928 --canonical single.fa命令执行失败，返回值为9。这可能是由于Jellyfish软件的问题或者输入文件格式不正确导致的。请检查您的输入文件single.fa是否正确，以及Jellyfish是否已经正确安装和配置。

2. Trinity组装失败：错误信息显示/home/tx/miniconda3/envs/trinity/opt/trinity-2.15.2/util/insilico_read_normalization.pl脚本执行失败，返回值为512。这可能是由于内存不足或者其他资源限制导致的。您可以尝试增加内存限制或者优化您的计算机资源分配。

针对这两个问题，您可以尝试以下解决方案：

1. 检查并修复Jellyfish计数问题：

   • 确保Jellyfish已经正确安装：可以通过运行jellyfish --version来检查Jellyfish的版本信息。
   • 检查输入文件single.fa的格式是否正确，确保它是一个有效的FASTA格式文件。
   • 如果问题仍然存在，尝试更新Jellyfish到最新版本，或者寻求Jellyfish社区的帮助。

2. 调整Trinity的资源限制：

   • 增加内存限制：您可以尝试修改Trinity的配置文件，增加内存限制。例如，您可以在~/.bashrc文件中添加以下内容（假设您有16GB内存可用）：

     export TRINITY_MEMORY=$((16*1024))
     

   • 优化计算机资源分配：关闭不必要的程序和服务，释放更多的系统资源供Trinity使用。
   • 如果问题仍然存在，您可以尝试联系Trinity的支持团队，寻求进一步的帮助。