MixSIAR计算贡献率

Question

我想问一下，用MixSIAR计算贡献率，输入的三个数据（sources，consumer和discrimination）格式分别是什么样的

Answer 1

在使用 MixSIAR 包进行贡献率计算时，输入的三个主要数据文件（sources、consumer 和 discrimination）需要遵循特定的格式。以下是每个文件的详细格式说明：

1. sources 文件

sources 文件包含源（sources）的稳定同位素数据。每行代表一个源，每列代表一个同位素值。

示例格式：

Source 1  d13C  d15N
Source A   -10.5  8.2
Source B   -12.3  9.1
Source C   -11.7  7.8

说明：

• 第一列是源的名称。
• 第二列和第三列是相应的稳定同位素值（如 d13C 和 d15N）。

2. consumer 文件

consumer 文件包含消费者的稳定同位素数据。每行代表一个消费者，每列代表一个同位素值。

示例格式：

Consumer  d13C  d15N
Consumer 1  -11.2  8.5
Consumer 2  -11.8  8.9
Consumer 3  -11.0  8.3

说明：

• 第一列是消费者的名称。
• 第二列和第三列是相应的稳定同位素值（如 d13C 和 d15N）。

3. discrimination 文件

discrimination 文件包含同位素分馏（discrimination）的值。每行代表一个源，每列代表一个同位素的分馏值。

示例格式：

Source  d13C_disc  d15N_disc
Source A  0.1  0.2
Source B  0.2  0.3
Source C  0.1  0.2

说明：

• 第一列是源的名称。
• 第二列和第三列是相应的同位素分馏值（如 d13C_disc 和 d15N_disc）。

示例代码

以下是一个使用 MixSIAR 包进行贡献率计算的示例代码：

# 加载MixSIAR包
library(MixSIAR)

# 读取数据文件
sources <- read.table("sources.txt", header=TRUE)
consumer <- read.table("consumer.txt", header=TRUE)
discrimination <- read.table("discrimination.txt", header=TRUE)

# 创建MixSIAR模型
mix <- load_mix_data(filename = "consumer.txt", 
                     iso_names = c("d13C", "d15N"), 
                     factors = NULL, 
                     fac_random = NULL, 
                     fac_nested = NULL, 
                     cont_effects = NULL)

source <- load_source_data(filename = "sources.txt", 
                           source_factors = NULL, 
                           conc_dep = FALSE, 
                           data_type = "raw", 
                           mix)

discr <- load_discr_data(filename = "discrimination.txt", mix)

# 运行MixSIAR模型
model_filename <- "mixsiar_model.txt"
resid_err <- TRUE
process_err <- TRUE
write_JAGS_model(model_filename, resid_err, process_err, mix, source)

jags.1 <- run_model(run="test", mix, source, discr, model_filename, 
                    alpha.prior = 1, resid_err, process_err)

# 输出结果
output_JAGS(jags.1, mix, source, output_options = list(summary_save = TRUE, 
                                                      summary_name = "summary_statistics", 
                                                      sup_post = FALSE, 
                                                      plot_post_save_pdf = TRUE, 
                                                      plot_post_name = "posterior_density", 
                                                      sup_pairs = FALSE, 
                                                      plot_pairs_save_pdf = TRUE, 
                                                      plot_pairs_name = "pairs_plot", 
                                                      sup_xy = TRUE, 
                                                      plot_xy_save_pdf = FALSE, 
                                                      plot_xy_name = "xy_plot", 
                                                      gelman = TRUE, 
                                                      heidel = FALSE, 
                                                      geweke = TRUE, 
                                                      diag_save = TRUE, 
                                                      diag_name = "diagnostics", 
                                                      indiv_effect = FALSE, 
                                                      plot_post_save_png = FALSE, 
                                                      plot_pairs_save_png = FALSE, 
                                                      plot_xy_save_png = FALSE))

总结

确保你的输入文件格式正确，并按照上述示例代码进行操作，可以帮助你顺利使用 MixSIAR 包计算贡献率。如果仍然遇到问题，可以查看 MixSIAR 的官方文档或联系相关支持获取更多帮助。