ONT三代测序错误率如何通过二代Illumina测序纠正？

Question

请教各位
ONT三代测序错误率高可以如何通过二代Illumina测序纠正呢？我的理解是3代ONT测序的序列用同一标本的测序序列去进行校对，然后再进行后续的各种分析

想问问实际上有没有这样的操作呢？有没有什么包或者相关文献，谢谢各位！

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

你的想法是正确的，ONT三代测序的高错误率确实可以通过二代Illumina测序进行纠正。这种校正方法通常被称为序列校正或者序列修正，其基本原理是利用二代测序的高准确性来校正三代测序产生的错误。具体操作流程如下：

1. 数据获取：首先，你需要对同一标本进行二代Illumina测序和ONT三代测序，得到两组测序数据。这两组数据应该有相似的测序深度以得到最佳的校正效果。
2. 数据预处理：你需要将二代测序数据（通常称为参考数据）和三代测序数据进行预处理，包括去除低质量序列、去除接头序列等步骤。
3. 数据比对：使用生物信息学软件（如BWA，Bowtie等）将预处理后的三代测序数据与参考数据进行比对。通过比对的结果，我们可以找出三代测序数据中的错误位置。这一步是关键步骤，它帮助我们定位三代测序中的错误。
4. 错误校正：一旦找到了错误的位置，我们就可以使用不同的策略来纠正这些错误。一种常见的策略是利用同一位置的二代测序数据中的信息来纠正三代测序数据中的错误。具体的算法包括纠错算法和本地组装算法等。这些操作通常需要使用特定的软件完成，例如LoRDEC、Canu等。

关于相关软件和文献，你可以尝试搜索一些生物信息学的数据库和期刊（如NCBI、Bioinformatics等），它们通常会发布一些与三代测序数据校正相关的文章和工具包。以下是一些可能有用的资源和工具包：

• LoRDEC（Long Read Error Correction）：一个基于短序列对长序列进行纠错的工具。
• Canu（C装配下一代测序数据的工具）：这个工具支持单分子数据的读取组装，可以对数据进行一定的错误纠正。

由于三代测序的校正是一个相对复杂的过程，通常需要有一定的生物信息学基础才能进行。因此，我建议你如果对此感兴趣的话，可以多学习一些关于生物信息学的知识，这将会对你理解和实施这一过程有所帮助。