关于R语言运行分区生存模型中的问题！

Question

问题遇到的现象和发生背景

R语言运行药物经济学分区生存模型

> n_samples <- 300
> surv_input_data <- expand(hesim_dat, by=c("strategies", "patients"))  
> survmods <- create_PsmCurves(psfit_wei, n=n_samples, input_data=surv_input_data,  
+                              uncertainty="bootstrap", est_data=surv_est_data)  
Error in create_input_mats_flexsurvreg_X(object[[i]], input_data, ...) : 
  Value of covariate "strategy" not supplied in "input_data"

操作环境、软件版本等信息

Rstudio 2024，

尝试过的解决方法

更换"strategy命名，无法解决这个问题

我想要达到的结果

解决报错问题，使软件可以继续运行下去

Answer 1

🕖上午好，题主！目前：🟢[在线]
📢参考通义千问、由郭老师整理提供！
📣今日诗号：窗外日光弹指过，席间花影坐前移。

从你提供的错误信息来看，create_PsmCurves 函数在尝试创建分区生存模型曲线时遇到了问题，因为它期望输入数据中包含一个名为 "strategy" 的协变量（covariate），但实际并没有找到。这通常意味着你的 surv_input_data 数据框没有正确地包含这个变量。

分析问题

1. 数据结构：确保 surv_input_data 包含了所有需要的变量，特别是 "strategy" 变量。
2. 数据合并：如果 hesim_dat 中包含了 "strategy" 变量，那么在使用 expand 函数时，可能没有正确地将这个变量包含进去。
3. 函数参数：检查 create_PsmCurves 函数的文档，确认是否需要特定的变量名。

解决方案

1. 确保数据中包含 "strategy" 变量

首先，确认 hesim_dat 数据框中确实包含了 "strategy" 变量：

print(names(hesim_dat))

如果 "strategy" 变量存在，那么在 expand 函数调用时应该包含它：

surv_input_data <- expand(hesim_dat, by = c("strategies", "patients"))

确保 by 参数中的 "strategies" 对应于 hesim_dat 中的实际变量名。

2. 使用正确的变量名

如果你确定 "strategy" 是你需要的变量名，那么请确保在 expand 函数调用时使用正确的变量名。例如，假设 hesim_dat 中的变量名为 "strategies"，则：

surv_input_data <- expand(hesim_dat, by = c("strategies", "patients"))

3. 调试和检查

如果仍然有问题，可以先输出 surv_input_data 来查看其内容：

print(head(surv_input_data))

确保其中包含 "strategy" 变量。

4. 完整示例代码

以下是一个完整的示例代码，假设 hesim_dat 和 surv_est_data 都已定义，并且 hesim_dat 包含 "strategies" 和 "patients" 变量：

# 假设这些数据已经定义
# hesim_dat <- ...
# surv_est_data <- ...

# 扩展数据
surv_input_data <- expand(hesim_dat, by = c("strategies", "patients"))

# 创建分区生存模型曲线
n_samples <- 300
survmods <- create_PsmCurves(
  psfit_wei,
  n = n_samples,
  input_data = surv_input_data,
  uncertainty = "bootstrap",
  est_data = surv_est_data
)

总结

通过确保 surv_input_data 包含所有必要的变量，特别是 "strategy" 变量，你应该能够解决这个错误并继续运行你的分区生存模型。如果问题依然存在，请进一步检查数据的结构和变量名是否匹配 create_PsmCurves 函数的要求。