孟德尔随机化结局数据读取

Question

孟德尔随机化求解

library(VariantAnnotation)
library(gwasglue)
library(TwoSampleMR)

exposureFile="exposure.F.csv"        #蛋白的暴露数据文件
outcomeID="ebi-a-GCST90086056"       #结局数据id(需修改)
outcomeName="Cardiovascular diseases"      #设置图形中展示疾病的名称
setwd("C:\\Users\\zixiaonainairi\\Desktop\\MF\\6.MR")     #设置工作目录

#读取暴露数据
exposure_dat=read_exposure_data(filename=exposureFile,
                                sep = ",",
                                snp_col = "SNP",
                                beta_col = "beta.exposure",
                                se_col = "se.exposure",
                                pval_col = "pval.exposure",
                                effect_allele_col="effect_allele.exposure",
                                other_allele_col = "other_allele.exposure",
                                eaf_col = "eaf.exposure",
                                phenotype_col = "exposure",
                                id_col = "id.exposure",
                                samplesize_col = "samplesize.exposure",
                                chr_col="chr.exposure", pos_col = "pos.exposure",
                                clump=FALSE)

#读取结局数据
outcomeData=extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, outcomes=outcomeID)
outcomeData=outcomeData[!duplicated(outcomeData$SNP),]
write.csv(outcomeData, file="outcome.csv", row.names=F)

请问我按照这个代码读取结局数据，为什么结局数据始终显示都是NULL呀 求解答

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

关于你提到的问题，即结局数据始终显示为NULL，这可能是由多种原因导致的。下面是一些可能的原因和解决方案：

1. 文件路径或文件名错误：确保exposureFile中的路径和文件名是正确的，并且文件确实存在于指定的目录中。注意路径中的拼写错误（例如，“zixiaonainairi”可能是拼写错误）。
2. 结局数据ID不正确：确保outcomeID的值是正确的。你可能需要查阅相关文献或数据库来确认正确的结局数据ID。
3. 网络问题或数据库问题：如果你正在从在线数据库获取数据，确保网络连接正常，并且数据库中的数据是可访问的。此外，检查数据库的更新情况，确保你正在查询的数据是最新的。
4. 数据格式问题：确保CSV文件的格式与代码中定义的格式相匹配。例如，确保CSV文件中列的顺序和名称与代码中定义的相匹配。
5. 代码逻辑问题：检查代码逻辑是否正确。特别是关于读取数据的部分，确保你正在读取的数据确实包含了你期望的信息。
6. 依赖包或函数版本问题：确保你安装了正确版本的依赖包，并且使用了正确的函数和方法来读取数据。可以尝试更新依赖包或查阅相关文档以获取更多关于函数使用的信息。

为了解决这个问题，你可以尝试以下步骤：

• 检查文件路径和文件名是否正确。
• 确保结局数据ID是正确的。
• 检查网络连接和数据库状态。
• 检查CSV文件的格式是否与代码中定义的格式相匹配。
• 仔细检查代码逻辑，确保没有遗漏或错误的部分。
• 更新依赖包或查阅相关文档以获取更多帮助。

如果以上步骤都无法解决问题，建议提供更多关于你的数据和代码的信息，以便更准确地诊断问题所在。