QTOF MSE数据分析

Question

SYNAPT G2-Si QTOF质谱仪连接到ACQUITY UPLC （Waters Corporation， MA）分析的非靶向代谢组学数据，是在MSE模式采集的，这个模式数据和一般的LC-MS/MS数据不一样，我用一般的方法看不到数据的二级质谱，想问问有没有人知道这个数据做非靶向代谢组学分析怎么做？如何找到这个数据的一级质谱和二级质谱来做定性分析？以及定性分析用什么软件？

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生：

对于SYNAPT G2-Si QTOF质谱仪在MSE模式下收集的非靶向代谢组学数据，处理和分析有特定的步骤，这通常涉及高级的数据解析软件来提取一级和二级质谱信息。下面是一个详细的步骤指南，以及推荐使用的软件。

数据预处理与分析软件

1. MassLynx Software:
这是Waters公司为自己的质谱仪设计的软件，特别是对于SYNAPT系列，MassLynx提供了强大的功能来处理MSE数据。它能自动识别高低碰撞能量下的质谱峰，是开始分析的首选工具。

• 如何操作：使用MassLynx中的MSE模块，可以同时查看一级和二级质谱信息。通过“Data Processing”进行峰检测、质量校正和峰面积积分，然后利用“TargetLynx”或“MetaboLynx”进行进一步的代谢物鉴定。

2. Progenesis QI:
虽然不是Waters的产品，Progenesis QI对于非靶向代谢组学数据分析非常强大，它能很好地处理MSE数据，提供定量和初步的定性分析。

• 如何操作：导入原始数据后，软件自动配对一级和二级质谱信息，通过其内置算法进行峰的识别和匹配，随后可以进行差异表达分析和初步的代谢物识别。

3. MetaboAnalyst:
这是一个在线平台，适合初步的代谢组学数据分析，但可能需要先将数据导出为兼容格式。

定性分析的关键步骤

1. 数据采集与转换：首先，确保从MassLynx导出MSE数据为.mzXML或.mzML格式，以便于在第三方软件中使用。

2. 峰检测与匹配：在Progenesis QI或MassLynx中进行，软件会尝试匹配一级和二级质谱信息，为每个分子特征提供可能的结构线索。

3. 数据库搜索：利用如Metaboscape、XCMS在线或Global Natural Product Social Molecular Networking (GNPS)等工具，通过匹配质荷比(m/z)、碎片离子等信息，进行代谢物的注释。这些步骤通常涉及将处理后的数据导出，并与代谢物数据库进行比较。

4. 定性确认：结合保留时间、质谱指纹和二级质谱的特征碎片信息，进行最终的代谢物定性。有时，可能还需要实验室内的标准品进行对照实验来确认鉴定结果。

示例代码或工具使用

由于数据处理和分析主要依赖于特定的软件，代码实现不如直接操作软件直观。例如，如果你使用Python进行后续分析，可以利用pyteomics库来读取.mzXML文件：

from pyteomics import mzxml

file_path = 'your_data_file.mzXML'
for spectrum in mzxml.read(file_path):
    print(spectrum['m/z array'], spectrum['intensity array'])

但请注意，上述代码仅用于展示如何读取质谱数据，并不直接解决MSE数据的定性分析问题，实际的定性分析工作更依赖于上述提到的专业软件。

记得，每个步骤的具体操作细节需要参考软件的用户手册或在线教程，因为软件更新可能会带来界面或功能的变化。