R语言：KEGG基因富集分析，一直报错。

Question

R语言：KEGG基因富集分析，一直报错。

1、报错如下：
“ cannot open the connection to 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway'”，但是浏览器可以打开这个网址。

2、尝试了网络各种方法：
①升级R、升级clusterProfiler包；
②设置了“R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")”；
③按网络教程，尝试将KEGG数据库下载至本地再分析。

都没有解决，仍然报上面的错误。
甚至尝试将KEGG数据库下载至本地那条代码，也提示“ cannot open the connection to 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway'%E2%80%9D%E3%80%82

3、报错图片：

4、代码：

```r
> setwd("D:/R/KEGG")
> library(DOSE)
DOSE v4.0.0 Learn more at https://yulab-smu.top/contribution-knowledge-mining/

Please cite:

Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Guang-Rong Yan, Qing-Yu He. DOSE: an R/Bioconductor package for Disease Ontology Semantic and
Enrichment analysis. Bioinformatics. 2015, 31(4):608-609
> library(clusterProfiler)
clusterProfiler v4.14.4 Learn more at https://yulab-smu.top/contribution-knowledge-mining/

Please cite:

Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Yanyan Han and Qing-Yu He. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene
clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287

载入程序包：‘clusterProfiler’

The following object is masked from ‘package:stats’:

    filter

> packageVersion("clusterProfiler")
[1] ‘4.14.4’
> R.version$version.string
[1] "R version 4.4.2 (2024-10-31 ucrt)"
> # 1.读入的是ensembl gene ID ####
> ensembl_gene_ID=read.table("ensembl_gene_ID.txt",sep="\t",stringsAsFactors = F)[[1]]
> ensembl_gene_ID
 [1] "ENSG00000081181" "ENSG00000130770" "ENSG00000204842" "ENSG00000188761" "ENSG00000089234" "ENSG00000133466" "ENSG00000204539"
 [8] "ENSG00000213066" "ENSG00000224051" "ENSG00000163599" "ENSG00000136943" "ENSG00000065357" "ENSG00000089248" "ENSG00000180210"
[15] "ENSG00000267673" "ENSG00000162576" "ENSG00000117115" "ENSG00000159339" "ENSG00000019144" "ENSG00000186298" "ENSG00000095261"
[22] "ENSG00000117748" "ENSG00000115902" "ENSG00000092969" "ENSG00000232810" "ENSG00000157873" "ENSG00000234127" "ENSG00000138777"
[29] "ENSG00000130522" "ENSG00000204305" "ENSG00000172724"
> #做ID转换，KEGG富集分析要求输入的是entrez gene id
> eg = bitr(ensembl_gene_ID, fromType="ENSEMBL", toType="ENTREZID", OrgDb="org.Hs.eg.db")

'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
> gene_list=eg[[2]]
> gene_list
 [1] "384"    "93974"  "6311"   "440603" "8315"   "114904" "1041"   "11116"  "80772"  "1493"   "1515"   "1606"   "10961"  "2147"   "112812"
[16] "54587"  "11240"  "23569"  "23187"  "5501"   "5711"   "6118"   "6509"   "7042"   "7124"   "8764"   "7726"   "27068"  "3727"   "177"   
[31] "6363"  
> kk <- enrichKEGG(gene = gene_list,       #这里需要输入一串gene，ID只能为ENTREZID
+                  organism = "hsa",       #富集分析的物种，物种缩写可以参考https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html
+                  pAdjustMethod = "BH",   #FDR校正p值
+                  pvalueCutoff = 0.05,    #p值阈值<0.05
+                  qvalueCutoff = 0.2,     #q值阈值<0.2
+                  minGSSize = 10,           #富集的GO条目至少包含10个基因
+                  keyType = "kegg"
+ )
Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway"...
错误于file(con, "r"): 
  cannot open the connection to 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway'
此外: 警告信息:
In file(con, "r") :
  URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Could not resolve hostname'
> 

```

Answer 1

让阿豪来帮你解答，本回答参考chatgpt3.5编写提供，如果还有疑问可以评论或留言

在进行KEGG基因富集分析时，如果遇到“cannot open the connection”错误，可能是由于多种原因造成的。下面我将详细解释该问题的原因，并给出一些可能的解决方案和示例代码。

问题描述

你在使用R语言进行KEGG基因富集分析时遇到了错误信息：

cannot open the connection to 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway'

虽然你可以在浏览器中成功访问该网址，但R环境中却无法连接，导致分析无法继续。

可能的原因

1. 网络连接问题: R语言的网络访问可能受到防火墙或代理设置的影响。
2. R和包的版本问题: 使用的R或相关包可能需要更新。
3. KEGG数据库服务不稳定: 有时KEGG的REST服务可能临时不可用。

解决方案

1. 检查网络设置
   • 确保R能够通过正确的网络访问外部网址。可以使用以下代码测试网络连接：

     test_url <- "https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway"
     response <- tryCatch({
     readLines(test_url, warn = FALSE)
     }, error = function(e) {
     return("Error: Unable to connect")
     })
     print(response)
     

2. 设置代理（如果在公司网络或防火墙后）
   • 如果你在公司网络，可能需要设置R的代理。可以这样设置：

     Sys.setenv(http_proxy="http://your_proxy_address:port")
     Sys.setenv(https_proxy="https://your_proxy_address:port")
     

3. 本地下载KEGG数据库
   • 如果在线下载失败，可以尝试从KEGG官网下载数据库并导入。本地下载的步骤：

     download.file("http://rest.kegg.jp/list/hsa", "hsa.txt")  # 下载人类基因列表
     

4. 升级R及相关包
   • 确保你使用的是最新版本的R和相关的生物信息学包。可以运行以下命令来更新：

     update.packages(ask = FALSE)
     

5. 使用其他的KEGG数据库访问工具
   • 如果以上方法都不能解决问题，可以尝试使用其他包，例如pathview，这可以提供不同的途径访问KEGG数据。

示例代码

以下是一个完整的KEGG基因富集分析的示例代码，使用clusterProfiler包进行分析，确保在执行之前解决了上述问题：

# 安装相关包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
# 加载必要的库
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
# 设置工作目录
setwd("D:/R/KEGG")
# 读取ENSEMBL基因ID
ensembl_gene_ID <- read.table("ensembl_gene_ID.txt", sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE)[[1]]
# ID转换
eg <- bitr(ensembl_gene_ID, fromType = "ENSEMBL", toType = "ENTREZID", OrgDb = "org.Hs.eg.db")
gene_list <- eg$ENTREZID
# KEGG富集分析
kegg_enrich <- enrichKEGG(gene = gene_list, organism = "hsa")
# 查看结果
head(kegg_enrich)

结论

以上是对你在使用R进行KEGG基因富集分析时遇到的错误的分析和解决方案。请根据具体情况调整网络设置，并尝试不同的方法解决连接问题。如果问题依然存在，请考虑人工下载更新KEGG数据库的数据。