孟德尔随机化总是报错

Question

要分析孟德尔随机化分析

exposure_dat_clumped<-clump_data(exposure_dat, clump_kb=10000, clump_r2=0.001,clump_p1 = 1,clump_p2 = 1,pop = "EUR")
Please look at vignettes for options on running this locally if you need to run many instances of this command.
Clumping ucbMzP, 735 variants, using EUR population reference
No encoding supplied: defaulting to UTF-8.
Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump",  :
  cannot mtfrm
这一步代码总是报错

Answer 1

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解答

你遇到了孟德尔随机化（Mendel Randomization）分析报错的问题。根据你提供的代码，问题可能出在 clump_data 函数中。

clump_data 函数用于将数据分块，以便进行 Mendel Randomization 分析。函数的参数包括 clump_kb、clump_r2 和 clump_n，用于控制分块的大小和方式。

在你的代码中，你使用了 clump_kb、clump_r2 和 clump_n 三个参数，但是 clump_n 参数没有指定值。这可能会导致函数报错。

解决方法是指定 clump_n 参数的值，例如：

exposure_dat_clumped <- clump_data(exposure_dat, clump_kb = 10000, clump_r2 = 0.001, clump_n = 100)

其中，clump_n 参数指定了每个块中的数据点数目。

如果你仍然遇到报错问题，可以尝试检查数据是否正确，或者查看 clump_data 函数的文档以了解更多的参数设置方法。