单细胞umap降维后legend不是按顺序排列

Question

降维后cluster的顺序事乱的，，我用细胞名替换cluster数字，但是作图时还是数字，请问怎么解决？感谢

Idents(data) <- [e-mail]$seurat_clusters
names(new.cluster.ids) <- levels(data)
data<- RenameIdents(data, new.cluster.ids)
[e-mail]$new.cluster.ids <- Idents(data)
Idents(data)=[e-mail]$new.cluster.ids

Answer 1

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解决方案

你遇到的问题是单细胞降维后，legend中的顺序不是按照 cluster 的顺序排列的。这是因为 umap 算法在降维时，可能会将相似的细胞聚类在一起，而不是按照原始 cluster 的顺序。

解决这个问题的一种方法是使用 Seurat 包中的 FindVariableFeatures 函数来选择变异最大的特征，然后使用 RunUMAP 函数来降维。这样可以确保降维后的结果是按照原始 cluster 的顺序排列的。

以下是一个示例代码：

# 选择变异最大的特征
variable_features <- FindVariableFeatures(data, selection.method = "vst")

# 降维
data <- RunUMAP(data, features = variable_features, reduction = "umap")

# 重新设置 legend
data <- data %>% 
  AddMetaData(legend = Idents(data))

在上面的代码中，我们首先使用 FindVariableFeatures 函数来选择变异最大的特征，然后使用 RunUMAP 函数来降维。最后，我们使用 AddMetaData 函数来重新设置 legend。

另外，你也可以使用 umap 包中的 umap 函数来降维，并使用 set.seed 函数来设置随机种子，以确保结果的稳定性。

# 降维
umap_data <- umap(data, features = variable_features, reduction = "umap", seed = 123)

# 重新设置 legend
data <- data %>% 
  AddMetaData(legend = Idents(data))

希望这些解决方案能够帮助你解决问题。