TCGA病理报告下载

Question

请教：请问怎样下载TCGA-BLCA中的病理报告，之前下载的clinical里面找不到病理报告文本

Answer 1

下午好🌅🌅🌅
本答案参考通义千问

您提到的 TCGA-BLCA 是 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 项目中的一个数据集，代表 Bladder Urothelial Carcinoma（膀胱尿路上皮癌）。在 TCGA 数据库中，临床数据（clinical data） 和 病理报告（pathology reports） 是两个不同的部分。

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📌 一、为什么在 clinical 文件中找不到病理报告？

TCGA 的 clinical 文件 主要包含患者的基本信息（如年龄、性别、诊断时间、分期等），但并不包含完整的病理报告文本。病理报告通常以 PDF 或 Word 格式 存在于 TCGA 的 Data Portal 或 GDC (Genomic Data Commons) 中。

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🧩 二、如何下载 TCGA-BLCA 的病理报告？

✅ 方法一：通过 GDC Data Portal 下载

1. 访问 GDC Data Portal
2. 在搜索栏输入 TCGA-BLCA 或选择 "Bladder Urothelial Carcinoma"。
3. 点击 "Files" 标签页。
4. 在文件列表中，查找具有以下特征的文件：
   • File Type: 病理报告（Pathology Report）
   • Data Category: Clinical
   • Data Format: PDF 或 TXT

注意： 并不是所有病例都有病理报告，且某些报告可能仅限于特定机构或研究者访问。

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✅ 方法二：使用 GDC API 获取病理报告链接

如果你希望用编程方式自动获取病理报告的下载链接，可以使用 GDC 的 REST API。

🔧 示例代码（Python）：

import requests
import json

# GDC API URL for querying files
url = "https://api.gdc.cancer.gov/files"

# 查询参数：TCGA-BLCA 的病理报告
params = {
    "filters": json.dumps({
        "op": "and",
        "content": [
            {"op": "in", "content": {"field": "project.project_id", "value": ["TCGA-BLCA"]}},
            {"op": "in", "content": {"field": "data_category", "value": ["Clinical"]}},
            {"op": "in", "content": {"field": "data_type", "value": ["Pathology Report"]}}
        ]
    }),
    "format": "json",
    "size": "100"
}

response = requests.get(url, params=params)
data = response.json()

# 打印文件名和下载链接
for file in data['data']['hits']:
    print(f"File ID: {file['file_id']}")
    print(f"Download URL: {file['file_name']}")
    print(f"Download Link: https://api.gdc.cancer.gov/data/{file['file_id']}\n")

注意： 需要注册 GDC 账号并获得访问权限（特别是对于受控数据）。

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✅ 方法三：使用 FireBrowse 或其他 TCGA 工具

• FireBrowse 是一个专门用于浏览 TCGA 数据的工具，网址为 https://firebrowse.org/
• 在该网站中，你可以查看每个样本的 clinical information 和 pathology report（如果有的话）。
• 如果有病理报告，一般会提供 PDF 下载链接。

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🔍 三、注意事项

• 并非所有 TCGA 病例都有病理报告，尤其是早期的项目。
• 病理报告可能涉及隐私，因此部分数据是受控的，需要申请权限才能下载。
• 建议使用 GDC 的 API 或 FireBrowse 来查询具体病例的病理信息。

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📚 四、推荐资源

| 资源名称 | 网址 | |---------|------| | GDC Data Portal | https://gdc.cancer.gov/ | | FireBrowse | https://firebrowse.org/ | | GDC API 文档 | https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/ |

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🎯 五、总结

| 步骤 | 内容 | |------|------| | 1 | 通过 GDC Data Portal 查找病理报告文件 | | 2 | 使用 GDC API 自动获取病理报告链接 | | 3 | 通过 FireBrowse 浏览病理信息 | | 4 | 注意：部分数据需授权访问 |

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如果您有具体的样本 ID 或想进一步处理这些病理报告，欢迎继续提问，我可以为您提供更详细的帮助。