孟德尔随机化，smr

Question

孟德尔随机化SMR，想做免疫细胞的SMR，用onek1k上下载数据进行处理后，在生成besd文件这一步一直报错

如图为代码，ERROR: the number of columns is incorrect of row 2 in esd file "esd_files/ENSG00000188157.esd"!一直这样报错，求大神指导

Answer 1

晚上好🌙🌙🌙
本答案参考通义千问

你提到在使用 孟德尔随机化（Mendelian Randomization, MR） 进行 SMR（Summary-data-based Mendelian Randomization） 分析时，使用 1000 Genomes Project (1KG) 数据进行处理，但在生成 BESD 文件 时出现报错：

ERROR: the number of columns is incorrect of row 2 in esd file "esd_files/ENSG00000188157.esd"!

这个错误提示表明：在某个 ESD 文件中，第二行的列数不符合预期。这通常是因为 输入文件格式不正确 或 生成 BESD 文件时数据未正确对齐。

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✅ 问题分析

1. ESD 文件格式要求

• ESD 文件是 SMR 分析中用于存储 暴露变量（exposure）的汇总统计量 的文件。
• 每个 ESD 文件应该包含以下字段（每行对应一个 SNP）：
  • rsID（SNP ID）
  • effect_allele（效应等位基因）
  • other_allele（其他等位基因）
  • beta（效应大小）
  • se（标准误）
  • pvalue（p 值）

✅ 期望的 ESD 文件格式为：6 列

2. 错误原因

• 第二行（通常是标题行）或某一行的列数不是 6。
• 可能是：
  • 标题行没有正确读取（如多出空格、换行符等）
  • 数据中存在缺失值（如某些字段为空）
  • 输入文件中包含额外的列或缺少列
  • 使用了错误的文件名或路径

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🔧 解决方案

1. 检查 ESD 文件内容

你可以使用命令行工具（如 head 或 cat）查看 ESD 文件的内容：

head -n 3 esd_files/ENSG00000188157.esd

你应该看到类似如下内容：

rsid   effect_allele   other_allele   beta   se   pvalue
rs123456 A             T              0.1    0.05  0.001
rs789012 C             G              -0.2   0.03  0.0001

如果发现 列数不对，请继续下一步。

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2. 确保 ESD 文件格式正确

✅ 正确格式应为：

| rsid | effect_allele | other_allele | beta | se | pvalue | |------------|----------------|---------------|------|------|--------| | rs123456 | A | T | 0.1 | 0.05 | 0.001 |

⚠️ 如果有任意一列缺失或有多余列，都会导致错误。

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3. 使用 Python 脚本清理 ESD 文件

如果你的数据格式有问题，可以使用以下 Python 脚本来清洗 ESD 文件，确保每行只有 6 列：

import pandas as pd

# 读取 ESD 文件
file_path = 'esd_files/ENSG00000188157.esd'
output_path = 'cleaned_esd/ENSG00000188157_cleaned.esd'

# 读取文件并跳过前两行（可能包含注释或空行）
df = pd.read_csv(file_path, sep='\t', skiprows=1)

# 确保只保留 6 列
if len(df.columns) != 6:
    print("Error: Number of columns is not 6!")
else:
    df.to_csv(output_path, sep='\t', index=False)
    print(f"Cleaned ESD file saved to {output_path}")

📌 注意：根据你的实际分隔符（如 tab 或 space）调整 sep 参数。

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4. 重新运行 BESD 生成脚本

确保你在生成 BESD 文件时使用的是 清洗后的 ESD 文件。例如：

./generate_besd.sh -e cleaned_esd/ENSG00000188157_cleaned.esd -o besd_files/ENSG00000188157.besd

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5. 检查 BESD 生成脚本是否正确

如果你使用的是 SMR 工具链（如 SMR、TwoSampleMR 等），请确认：

• 是否正确指定了 ESD 文件路径
• 是否使用了正确的参数（如 -e 表示暴露变量）

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📌 总结

✅ 重点问题点：

• ESD 文件必须严格为 6 列（rsid, effect_allele, other_allele, beta, se, pvalue）
• 第二行不能有额外列或缺失列
• 建议使用脚本清洗 ESD 文件

✅ 推荐步骤：

1. 检查 ESD 文件内容
2. 使用 Python 脚本清洗 ESD 文件
3. 重新生成 BESD 文件
4. 再次运行 SMR 分析

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如果你愿意提供具体的 ESD 文件内容（或截图），我可以进一步帮你定位具体哪一行出错。

希望这些信息对你有帮助！如果你还有其他问题，欢迎继续提问。