GSVA提示找不到继承方法或者 连接超时

Question

安装msigdbr_10.0.2.tar.gz以及以下版本时，
运行以下代码提示找不到继承方法

expr <- as.matrix(expr)
head(expr)
expr <- expr[rowSums(expr)>0,]#过滤细胞表达量全为零的基因
library(msigdbr)
msigdbr_collections()

#选择基因集合
mouse_KEGG = msigdbr(species = "Mus musculus", #物种
                     category = "C2",
                     subcategory = "CP:KEGG_LEGACY") %>% 
  dplyr::select(gs_name,gene_symbol)#这里可以选择gene symbol或者ID
mouse_KEGG_Set = mouse_KEGG %>% split(x = .$gene_symbol, f = .$gs_name)#list


gsva.kegg <- gsva(expr, gset.idx.list = mouse_KEGG_Set, 
                  kcdf="Gaussian",
                  method = "gsva",
                  parallel.sz=1)

安装msigdbr_24.1.0.tar.gz版本时，运行以上代码提示连接超时

Answer 1

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1. 关键点分析：
   - 从提供的代码片段来看，问题出在运行代码时提示找不到继承方法。但仅从这几行代码本身很难直接判断出具体原因，可能与安装的msigdbr_10.0.2.tar.gz包以及相关的运行环境配置有关。
2. 解决方案：
   - 首先，确保msigdbr_10.0.2.tar.gz包安装正确且其依赖项都已满足。可以检查安装日志，看是否有安装失败或缺失依赖的提示。
   - 对于提示找不到继承方法的错误，这可能意味着代码中使用的某个函数或对象的方法在当前环境中不可用。
   - 假设这里的expr是一个数据框或矩阵，并且后续代码是用于GSVA分析的，我们需要确保GSVA包及其相关依赖正确安装和加载。
   - 示例代码如下：

# 加载必要的包
library(GSVA)
library(msigdbr)

# 假设expr是一个表达矩阵数据
# 这里假设你已经正确读取了数据，比如从文件读取
# 例如：expr <- read.csv("your_expression_data.csv", row.names = 1)
# 确保数据格式是矩阵
expr <- as.matrix(expr)
head(expr)
# 后续可以进行GSVA分析
# 例如：
gene.sets <- msigdbr(species = "Homo sapiens", category = "C2", subcategory = "CP:KEGG")
gsva.obj <- gsva(expr, gene.sets, method = "gsva", min.sz = 10, max.sz = 500)

1. 多种解决方案的优缺点：
   - 优点：
   • 通过详细检查安装过程和加载相关包，可以全面排查问题。加载GSVA和msigdbr包后，按照标准流程进行数据处理和分析，增加了代码的规范性和可重复性。
   • 缺点：
   • 如果问题不是出在包的安装和加载上，而是代码逻辑本身，这种基于常规流程的排查可能会浪费一些时间在不必要的检查上。
2. 总结：
   - 要解决找不到继承方法的问题，首先要确保相关包正确安装和加载，然后按照规范的流程处理数据和进行分析。对于连接超时的问题，还需要检查网络连接是否正常，以及相关包在获取数据时是否有特殊的网络配置要求。

请注意，以上代码中的数据读取部分需要根据实际情况进行调整，确保expr是正确的表达矩阵数据。同时，具体的错误原因可能需要进一步结合更多的代码和运行环境信息来确定。

希望以上解答对您有所帮助。如果您有任何疑问，欢迎在评论区提出。